< 梭鱼(<i>Liza haematocheila</i>) 4个野生地理群体传多样性的微卫星分析 MathJax.Hub.Config({tex2jax: {inlineMath: [['$', '$'], ['\\(', '\\)']]}});
  渔业科学进展  2016, Vol. 37 Issue (2): 68-75  DOI: 10.11758/yykxjz.20150407001
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引用本文 

毛守康, 马爱军, 丁福红, 闫喜武, 罗海忠, 李伟业, 徐宝荣, 王怀忠, 王宝义, 王广宁. 梭鱼(Liza haematocheila) 4个野生地理群体传多样性的微卫星分析[J]. 渔业科学进展, 2016, 37(2): 68-75. DOI: 10.11758/yykxjz.20150407001.
MAO Shoukang, MA Aijun, DING Fuhong, YAN Xiwu, LUO Haizhong, LI Weiye, XU Baorong, WANG Huaizhong, WANG Baoyi, WANG Guangning. Analysis of Genetic Structures of Four Wild Geographoic Populations of Mullet Liza haematocheila by Using Microsatellite Marker Technique[J]. PROGRESS IN FISHERY SCIENCES, 2016, 37(2): 68-75. DOI: 10.11758/yykxjz.20150407001.

基金项目

中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(20603022013008)、山东省自然科学基金项目(ZR2011CQ004)、国家现代农业产业技术体系(CARS-50-G01)和2013年国家留学人员科技项目(20603022012005)共同资助

作者简介

毛守康,E-mail:1015617263@qq.com

通讯作者

马爱军,研究员,E-mail:maaj@ysfri.ac.cn

文章历史

收稿日期:2015-04-07
收修改稿日期:2015-05-21
梭鱼(Liza haematocheila) 4个野生地理群体传多样性的微卫星分析
毛守康1,2,3, 马爱军1,2, 丁福红1, 闫喜武3, 罗海忠4, 李伟业4, 徐宝荣5, 王怀忠6, 王宝义7, 王广宁1,2     
1. 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛 266071;
2. 青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室 青岛 266237;
3. 大连海洋大学 大连 116023;
4. 舟山市水产研究所 舟山 316699;
5. 青岛宝荣水产科技有限公司 青岛 266300;
6. 连云港仙忠水产有限公司 连云港 222000;
7. 兴城龙运井盐水水产养殖有限责任公司 兴城 125100
摘要: 利用14对微卫星引物,对采捕于辽宁葫芦岛、山东青岛、江苏连云港以及浙江舟山附近海域的梭鱼(Liza haematocheila) 4个野生地理群体进行群体遗传多样性分析。结果显示,14对微卫星引物均能扩增出清晰的条带且具有一定的多态性,4个野生群体的多态性百分率分别为92.86%、92.87%、100.00%和85.71%。4个群体共扩增出61个等位基因,4个群体的等位基因数为3.786−4.000,有效等位基因数为2.673−2.899,观测杂合度为0.359−0.389,期望杂合度为0.503−0.561,多态信息含量为0.465−0.513,说明4个群体遗传多样性处于中等多态水平。运用SPSS软件对杂合度期望值进行Kruskal-Wallis检验,其结果(H=0.187,df=3,P=0.980)表明,4个群体间的遗传多样性差异无统计学意义(P > 0.05),各群体大部分微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P < 0.05)。另外,研究发现,葫芦岛和舟山均出现两个位点呈现杂合子过剩,其他两群体均出现3个位点呈现杂合子过剩(Fis < 0),表明近期可能出现过瓶颈效应。所有群体间遗传分化系数为0.148,基因流值为1.444,群体间出现中度遗传分化,群体间出现一定程度基因流。两群体间的遗传相似性系数为0.623−0.818,遗传距离为0.202−0.473,青岛和葫芦岛的遗传距离最近(0.202),而连云港和舟山的最远(0.473),这可能与梭鱼幼体的扩散能力及近海沿岸生态环境及群落结构有关。采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析,结果显示,4个地理群体按其地理位置由北向南依次聚为一类。
关键词: 梭鱼    地理群体    微卫星    遗传多样性    
Analysis of Genetic Structures of Four Wild Geographoic Populations of Mullet Liza haematocheila by Using Microsatellite Marker Technique
MAO Shoukang1,2,3, MA Aijun1,2, DING Fuhong1, YAN Xiwu3, LUO Haizhong4, LI Weiye4, XU Baorong5, WANG Huaizhong6, WANG Baoyi7, WANG Guangning1,2     
1. Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071 ;
2. Function Laboratory for Marine Biology and Biotechnology, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266200 ;
3. Dalian Ocean University, Dalian 116023 ;
4. Zhoushan Fisheries Research Institute, Zhoushan 316699 ;
5. Qingdao Baorong Aquatic Limited Corporation, Qingdao 266303 ;
6. Lianyungang Xianzhong Aquatic Limited Corporation, Lianyungang 222000 ;
7. Xingcheng Longyun Aquatic Limited Corporation, Xingcheng 125100
Corresponding author: MA Aijun, E-mail:maaj@ysfri.ac.cn
Abstract: In this study, fourteen markers were analyzed to assess the genetic diversity of four wild geographical populations of Liza haematocheila from the adjacent waters of Huludao, Qingdao, Lianyungang, and Zhoushan. The results showed that there was a certain degree of polymorphism in the four populations and the percentages of polymorphic loci were 92.86%, 92.87%, 100%, and 85.71% respectively. A total of 61 alleles were detected in the four populations, and the average number of alleles was between 3.786 and 4.000 for each population and the effective number of alleles was from 2.673 to 2.899. The average values of observed and expected heterozygosity ranged from 0.359 to 0.389 and from 0.503 to 0.561 respectively. The mean polymorphic information contents were from 0.465 to 0.513. These results suggested that there was a moderate genetic diversity among the four populations, however, the Kruskal-Wallis test (SPSS software) indicated no significant difference in the genetic diversity among the four populations (H=0.187, df=3, P=0.980). The majority of loci in each population were found to deviate from the Hardy-Weinberg equilibrium (P < 0.05). Moreover the Huludao and Zhoushan populations were found to have two loci with heterozygote excess (Fis < 0), while the other two populations had three loci with heterozygote excess. This was probably caused by recent bottleneck effect. The values of genetic differentiation coefficients and gene flow were 0.148 and 1.444 respectively, which suggested a medium level of genetic differentiation and a certain degree of gene flow between the four populations. The genetic similarity coefficients of the four populations ranged from 0.623 to 0.818 and the genetic distance was between 0.202 and 0.473 among the populations. The genetic distance was the nearest between Huludao and Qingdao, and was the farthest between Lianyungang and Zhoushan. These results could be related to the diffusion of the mullet larvae, the inshore coastal ecological environment, and the community structure. Cluster analysis with the UPGMA method showed that the four geographic populations could converge into one cluster according to their distribution from north to south.
Key words: Mullet Liza haematocheila    Geographical population    Microsatellite    Genetic diversity    

梭鱼(Liza haematocheila)即鮻鱼,隶属于鲻形目、鲻科、梭属,分布于西北太平洋沿岸海域。梭鱼的基础生物学特征(李明德, 1992)、移殖驯养(李明德, 1993)、人工繁殖(陈惠彬, 1989)等取得了显著进展。目前,梭鱼已经从传统的咸水虾池套养,逐渐发展到与鲫、缢蛏和脊尾白虾无公害综合养殖(梅肖乐等, 2005)及淡水池塘主养(卓丽军等, 2011)和高位池零排放循环水养殖(郭益顿等, 2011),梭鱼逐渐成为我国内陆湖泊、淡水池塘、沿海低盐度滩塘和海水池塘的重要养殖经济鱼类。

目前,我国梭鱼原种场(如天津原种场)主要利用采捕自然海域苗种培育亲鱼进行亲鱼供给、繁育苗种销售,以及考虑到渤海海域增殖放流等情况(姚欣华, 2012),对我国沿海梭鱼野生群体及人工养殖群体进行遗传结构分析显得更为迫切。近年来,微卫星DNA(Microsatellite DNA)作为分子标记,具有高多态性、操作简单和重复性好等特点,广泛应用于动植物的群体遗传多样性分析(陆丽君等, 2013)、遗传图谱构建(罗云等, 2010)、种质资源鉴定(杜长斌等, 2000)及亲缘关系分析(李雪燕等, 2013)等。目前,仅限Xu等(2009)通过微卫星富集文库筛选10对多态微卫星引物,对山东海阳附近沿海梭鱼自然群体进行遗传多样性分析。本研究利用微卫星DNA多态性检测技术SSR (Simple Sequence Repeat),对我国沿海梭鱼4个野生地理群体遗传多样性进行分析研究,旨在为我国梭鱼野生种质资源保护和遗传育种及增殖放流提供理论基础。

1 材料与方法 1.1 材料来源

实验所用的梭鱼4个野生地理群体分别采捕于辽宁葫芦岛(2014年6月)、山东青岛(2013年10月)、江苏连云港(2014年5月)及浙江舟山(2013年11月)附近的海域,冰冻后冷藏带回实验室,各群体按照相似规格随机抽取30尾,体长为(16.54±1.35) cm,体重为(98.3±12.5) g,并用采捕海域就近的城市命名。剪取尾鳍用于基因组提取,−20℃保存。

1.2 DNA提取及检测

称取各梭鱼群体低温保存尾鳍30 mg,采用柱式海洋生物DNA提取试剂盒提取DNA。将DNA样品用含有Dufinder的1%琼脂糖凝胶电泳检测,样品无大量蛋白质及降解的DNA片段。利用NanoDrop定量测定样品DNA浓度(A260 nm/A280 nm的值介于1.8−2.0),并将其稀释至50 ng/μl,−20℃冷冻保存,作为模板用于SSR分析。

1.3 SSR引物合成

引物根据Gotoh等(2013),选取具有多态性的引物,交由上海生工生物工程有限公司合成,经PCR扩增及电泳检测筛选出14对,其引物信息见表 1

表 1 14对微卫星引物信息及在本实验中的退火温度 Table 1 Information and specific annealing temperatures of 14 pairs of microsatellite marker primers used in this study
1.4 PCR扩增及产物电泳检测

PCR为15 μl反应体系:Taq酶(5 U/μl) 0.2 μl,dNTP(0.2 mmol/L) 1.3 μl,Buffer(10×) 1.6 μl,Forward/Reverse Primer(10 μmol/L)各0.7 μl,Template DNA(50 ng/μl) 1.2 μl,dd H2O(1 mg/ml) 9.3 μl。PCR反应程序:95℃预变性5 min;94℃变性30 s,退火温度30 s,72℃延伸30 s,35个循环;72℃延伸10 min;4℃保存。PCR扩增产物变性(95℃,5 min)后采用8%聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染,自然晾干拍照,用于检测。

1.5 数据处理与分析

根据电泳图谱,参照引物设计时片段大小统计条带,记录4个群体所有个体不同位点的基因型。利用Popgene 32 Version 1.32软件计算各位点的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度,并计算各群体的Hardy-Weinberg平衡检验概率值、遗传固定指数、遗传分化系数、基因流、遗传相似性系数和遗传距离。根据Botstein等(1980)的方法,计算多态信息含量。用SPSS 13.0软件对各位点的期望杂合度(He)进行Kruskal-Wallis检验。根据Nei (1978)标准计算遗传距离,基于该遗传距离绘制UPGMA聚类图。

2 结果与分析 2.1 微卫星位点多样性

对所有合成的引物经过PCR扩增及电泳检测,共筛选出14个位点能够在梭鱼野生地理群体扩增出清晰的多态性条带,部分引物扩增条带结果见图 1。所有梭鱼群体全部14个位点多态信息见表 2。由表 2可知,14个位点共扩增出61个等位基因,每个位点等位基因数为2−8个,有效等位基因数为1.563−5.617个,在Orla21-231位点扩增出等位基因数和有效等位基因数最多,在Orla16-32位点扩增出等位基因数和有效等位基因数最少,所有位点平均等位基因数为4.357,平均有效等位基因数为3.172。每个位点观测杂合度为0.033−0.633,期望杂合度为0.360−0.822,二者的平均值分别为0.368和0.632。14个位点的多态信息含量(PIC)为0.306−0.798,平均值为0.575。由此可见,所有梭鱼群体的14个位点中有10个表现为高多态性(PIC>0.5),4个表现为中多态性(0.25<PIC<0.5),这些位点具有丰富的多态性,能够用于梭鱼遗传多样性的分析。

图 1 引物Orla17-260在4个群体的扩增电泳 Figure 1 The electrophoresis of products amplified with Orla17-260
表 2 梭鱼14个微卫星位点的遗传多样性指数 Table 2 Genetic diversity parameters of 14 microsatellite loci of L. haematocheila
2.2 不同野生地理群体遗传多样性

梭鱼4个不同地理群体的遗传多样性参数见表 3。由表 3可知,14个位点在所有群体的多态性百分率分别为92.86%、92.87%、100.00%和85.71%。各群体的等位基因数为3.786−4.000,有效等位基因数为2.673−2.899,观测杂合度为0.359−0.389,期望杂合度为0.503−0.561,多态信息含量为0.465−0.513,由此分析,梭鱼4个地理野生群体的遗传多样性比较丰富。同时,各群体期望杂合度表明,4个群体遗传多样性差异无统计学意义(P>0.05)。另外,对所有群体个体的全部位点的等位基因型频率进行Hardy-Weinberg平衡检验,并进一步计算各位点遗传固定指数,其概率值(P)和遗传固定指数(Fis)的结果见表 4。由表 4可知,4个地理群体中大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,如青岛群体有8个,葫芦岛群体和连云港群体分别有9个位点,而舟山群体除了两个位点为单态性外,其他位点均偏离Hardy-Weinberg平衡。对4个群体的各位点遗传固定指数(Fis)的研究发现,葫芦岛和舟山均有两个位点呈现杂合子过剩,其他两群体均有3个位点呈现杂合子过剩。

表 3 4个群体遗传多样性参数 Table 3 Genetic diversity parameters of the four populations
表 4 Hardy-Weinberg平衡检验概率值(P)与遗传固定指数(Fis) Table 4 P value of Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium and Fis value of heterozygote deficiency or excess
2.3 不同野生地理群体间遗传分化及遗传距离

14个位点在4个地理群体间遗传分化指数(Fst)和基因流(Nm)如表 2所示,群体间各位点表现出不同程度的遗传分化,所有位点的平均遗传分化指数为0.148,平均基因流为1.444,说明各群体间存在中度遗传分化,存在一定程度的基因交流。

梭鱼的所有地理群体两两之间的遗传分化指数(Fst)和基因流(Nm)见表 5。由表 5可知,梭鱼两群体间的遗传分化系数为0.025−0.133,基因流为1.673−9.701,在葫芦岛和青岛群体间遗传分化指数最小,基因流出现最大值;连云港和舟山群体间遗传分化指数最大,基因流为最小值。

表 5 梭鱼群体间基因流Nm (对角线以上)和遗传分化系数Fst (对角线以下) Table 5 Gene flow estimates Nm (above diagonal) and F-statistics estimates Fst (below diagonal) among the four populations of L. haematocheila

根据Nei (1978)的计算方法,计算梭鱼各地理群体间遗传相似性系数(I)和遗传距离(D) (表 6)。由表 6可知,两群体间的遗传相似性系数为0.623−0.818,遗传距离为0.202−0.473,青岛和葫芦岛群体的遗传相似性系数最高,连云港和舟山群体的遗传相似性系数最低。对遗传距离研究分析发现相同的结果,即青岛和葫芦岛群体的遗传距离最近,而连云港和舟山群体的遗传距离最远(图 2)。

表 6 梭鱼群体间遗传相似系数I(对角线以上)和遗传距离D(对角线以下) Table 6 Genetic identity I (above diagonal) and Nei's genetic distance D (below diagonal) among the four populations of L. haematocheila
图 2 基于Nei无偏遗传距离构建的4个梭鱼群体的UPGMA聚类 Figure 2 UPGMA dendrogram based on Nei unbiased genetic distances of the four populations of L. haematocheila
3 讨论 3.1 微卫星标记遗传多样性分析

在对物种群体的遗传信息进行分析探讨时,采用不同的分子标记往往出现不同的遗传参数,如杨锐等(2002)权洁霞等(2000)分别利用水平淀粉凝胶电泳技术和随机扩增多态DNA(RAPD)技术对采自河北黄骅的梭鱼自然群体和养殖群体进行遗传多样性分析,发现利用RAPD技术测得的自然群体和养殖群体的遗传多样性均高于水平淀粉凝胶电泳的结果。申雪艳等(2004)对从不同国家引进的3个大菱鲆(Scophthalmus maximus)地理群体进行研究发现,运用微卫星引物计算的遗传距离(0.068−0.120)高于RAPD引物计算的结果(0.012−0.019)。另外,England等(1996)研究表明,微卫星作为分子标记具有一定的优越性。因此,本研究选取14个微卫星标记位点对梭鱼4个地理野生群体进行遗传多样性分析。

本研究发现,14个微卫星位点在梭鱼野生群体中均能扩增出清晰的条带且具有多态性,这些位点具有丰富的多态性,能够用于群体遗传多样性的分析。

3.2 不同野生地理群体遗传多样性分析

群体的遗传多样性是指群体全部遗传信息的总和,包括群体遗传变异程度和遗传结构,是群体适应环境变化、维持长期生存和进化的基础,也可以用来衡量群体适应环境变化能力的强弱(张文静等, 2003; O'Connell et al, 1997)。本研究发现,来自葫芦岛、青岛、连云港及舟山等的梭鱼地理群体的微卫星位点的等位基因数为3.786−4.000,有效等位基因数2.673−2.899,其微卫星位点等位基因数相对较少,恰好可以用来进行群体遗传学的研究(O'Reilly et al, 1995)。群体遗传杂合度即基因多样度,度量群体各位点的遗传变异的最适参数,梭鱼4个地理野生群体的观测杂合度为0.359−0.389,期望杂合度为0.503−0.561。比杨锐等(2002)王茜等(2005)利用水平式淀粉凝胶电泳法及权洁霞等(2000)利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术测定的梭鱼野生群体的杂合度要高,但各群体的观测杂合度和期望杂合度均低于Xu等(2009)的研究结果。

在本研究中,观测杂合度与期望杂合度差异较大,群体遗传处于不平衡状态,这与利用等位基因型频率进行Hardy-Weinberg平衡检验并计算各位点遗传固定指数的研究结果相符。4个地理群体中,大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,且对4个群体的各位点遗传固定指数(Fis)的研究发现,葫芦岛和舟山群体均有两个位点呈现杂合子过剩,其他两群体均有3个位点呈现杂合子过剩。可能受到地理因素及洋流模式等外界环境影响,梭鱼幼体扩散能力与实验所捕捞的野生样本等因素有关。如Liu等(2007)利用梭鱼为广泛分布海洋性鱼类的特点,采用mtDNA控制区部分序列分析其系统地理格局,研究发现,梭鱼幼体分布在近海岸浅水区域,其扩散能力有限,各地理群体的单倍型由梭鱼在更新世冰期低于海平面时在西北太平洋3个边缘海中被隔离分化形成,而东海组群同时出现3个单倍型类群,由于在末次冰期过后东海架坡度较小,随海平面上升产生大量的沿岸浅海栖息地,导致梭鱼群体的重建。在陈澄璟(2012)利用梭鱼线粒体控制区片段序列和Cyt b全序列研究发现,梭鱼野生群体种内的遗传水平归为第二类遗传多样性水平模式,即较高的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度(Grant et al, 1998),Gao等(2014)对来自西北太平洋梭鱼5个地理群体的研究结果相同,提示梭鱼群体在经历过瓶颈效应或奠基者效应之后,从一个小的群体发生急剧的群体扩张事件,这与本研究中梭鱼出现微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡及产生杂合子过剩现象相符合。

另外,从4个梭鱼野生群体的多态信息含量分析其遗传多样性比较丰富。同时,对各群体期望杂合度分析结果表明,4个群体遗传多样性差异无统计学意义(P>0.05)。

3.3 不同野生地理群体间遗传分化及遗传距离分析

群体间遗传分化系数(Fst)作为衡量群体间遗传分化程度的重要指标,常常与群体间基因流(Nm)共同阐述各群体间遗传分化的内在机制。在本研究中,梭鱼野生群体的14个位点平均遗传分化指数为0.148 (0.05<Fst<0.15),表现为中等水平,平均基因流为1.444 (1<Nm<4),群体间基因交流通畅,能够抵制遗传漂变作用,防止群体间遗传分化。对两群体间的遗传变异研究发现,梭鱼两群体间的遗传分化系数为0.025−0.133,基因流为1.673−9.701,在葫芦岛和青岛群体间遗传分化指数最小,基因流出现最大值,而连云港和舟山群体遗传分化指数最大,基因流为最小值,这可能与梭鱼幼体的扩散能力及近海沿岸生态环境及群落结构有关(朱鑫华等, 2001)。

遗传距离是研究物种遗传多样性的基础,Crawford等(1998)指出,由微卫星得出的遗传距离更能反映分化时间的长短,能客观反映品种间的遗传变异和分化。本研究利用14个微卫星位点进行不同地理野生群体的遗传多样性分析,根据Nei (1978)的计算方法计算了各地理群体间遗传相似性系数(I)和遗传距离(D)。研究结果显示,梭鱼4个野生地理群体依据地理位置由北向南依次聚在一起。

本研究的多项遗传多样性参数表明,我国沿海梭鱼不同地理野生群体遗传多样性处于中等偏上的水平,同时,存在微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡及产生杂合子过剩现象。再结合其他学者对梭鱼自然与养殖群体的研究结果,对梭鱼种质资源保护及开发利用提出几点建议:1)梭鱼野生群体虽具有丰富的遗传多样性,但应该进行海岸工程来加强梭鱼产卵场及保育场的保护,维持天然的种群结构;2)由于梭鱼野生群体存在偏离Hardy-Weinberg平衡及产生杂合子过剩现象,故在对沿岸海域进行人工苗种的增殖放流时,要注意其遗传结构,避免人为因素加快梭鱼天然种质资源的衰竭;3)在对梭鱼繁养殖时,可以通过采捕不同海域的苗种培育亲鱼,分析其遗传信息,利用不同群体间的交配提高梭鱼的养殖效益。

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