渔业科学进展  2018, Vol. 39 Issue (5): 130-136  DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20170707001
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引用本文 

刘婵, 冯娟, 谢云丹, 胡万涛, 王江勇, 苏友禄. 基于毒力基因的罗非鱼无乳链球菌三重PCR检测方法的建立及应用[J]. 渔业科学进展, 2018, 39(5): 130-136. DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20170707001.
LIU Chan, FENG Juan, XIE Yundan, HU Wantao, WANG Jiangyong, SU Youlu. The Application and Detection of Streptococcus agalactiae Isolated from Tilapia with a Triple PCR Based on Virulence Genes[J]. Progress in Fishery Sciences, 2018, 39(5): 130-136. DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20170707001.

基金项目

国家自然科学基金(31502210)、广州市珠江科技新星(201610010015)、广东省级鱼病防治专项(2016-302)、广东省自然科学基金(2015A030313688)和“广东特支计划”科技青年拔尖人才(2016TQ03N275)共同资助

作者简介

刘婵, E-mail: 784102490@qq.com

通讯作者

苏友禄,副研究员,E-mail: suyoulu@scsfri.ac.cn

文章历史

收稿日期:2017-07-07
收修改稿日期:2017-07-31
基于毒力基因的罗非鱼无乳链球菌三重PCR检测方法的建立及应用
刘婵1,2, 冯娟2, 谢云丹1,2, 胡万涛3, 王江勇2, 苏友禄2     
1. 天津农学院水产学院 天津 300384;
2. 中国水产科学研究院南海水产研究所 农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室 广州 510300;
3. 广州大学生命科学学院 广州 510006
摘要:无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)作为罗非鱼主要病原,传染力强、致死率高,部分鱼从发病到死亡无明显病症,难以确定鱼体是否携带该病原菌,建立适用于生产一线的无乳链球菌检测技术势在必行。根据GenBank中无乳链球菌透明质酸酶基因(hylB)、青霉素结合蛋白基因(ponA)和CAMP因子基因(cfb)的保守序列,设计3对特异性引物,对多重PCR的反应条件和体系进行优化,建立基于毒力基因的罗非鱼无乳链球菌三重PCR检测方法,并运用该方法检测来自广东省不同地区的罗非鱼组织样品。构建的三重PCR检测方法仅在无乳链球菌中扩增出3条特异性条带,而在罗非鱼和常见的水产病原菌菌株中均未扩增出任何条带,表现出良好的特异性;以无乳链球菌基因组DNA浓度7.24×10-5~5.65 ng/μl为模板进行扩增,该三重PCR能检测到的最低模板浓度为1.81×10-3 ng/μl,表现出较高的灵敏度;运用该方法检测188个罗非鱼组织样品,其阳性检出率与常规细菌分离鉴定阳性率一致,以常规细菌分离鉴定为标准,对该三重PCR检测方法进行评价,其诊断敏感性(Dse)和诊断特异性(Dsp)均为100%。结果表明,构建的三重PCR检测方法不仅显著提高了检测的准确度和灵敏度,还可在同一反应中同时检测3种无乳链球菌毒力基因,为无公害水产品中无乳链球菌的快速检疫、水产养殖病害早期预警提供了一种快速、精准和高效的检测技术。
关键词罗非鱼    无乳链球菌    毒力基因    三重PCR    
The Application and Detection of Streptococcus agalactiae Isolated from Tilapia with a Triple PCR Based on Virulence Genes
LIU Chan1,2, FENG Juan2, XIE Yundan1,2, HU Wantao3, WANG Jiangyong2, SU Youlu2     
1. College of Fisheries, Tianjin Agricultural University, Tianjin 300384;
2. Key Laboratory of South China Sea Fishery Resources Exploitation & Utilization, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510300;
3. School of Life Science, Guangzhou University, Guangzhou 510006
Corresponding author: SU Youlu, E-mail:suyoulu@scsfri.ac.cn
Fund: This work was supported by National Natural Science Foundation of China (31502210), Pearl River S & T Nova Program of Guangzhou (201610010015), Special Funds for Fish Diseases of Guangdong Province (2016-302), Natural Science Foundation of Guangdong Province (2015A030313688), and Youth Science and Technology Innovation Talents Funds in Special Support Plan for High Level Talents in Guangdong Province (2016TQ03N275)
Abstract: Streptococcus agalactiae has become one of the most important emerging pathogens with strong infectivity and virulence, causing high mortalities and large economic losses in tilapia farming industries in China. There are no obvious symptoms in some tilapia infected by S. agalactiae, so it can be difficult to determine if a fish carried the pathogen. Thus, it was necessary to establish an effective method for detection of S. agalactiae in the breeding process of tilapia. Three pairs of specific primers were designed based on the conserved sequence of hylB, ponA, and cfb genes encoding hyaluronidase, penicillin binding protein, and CAMP factor of S. agalactiae published in GenBank, respectively. After the optimization of the reaction conditions and reaction system of multiplex PCR, the triple PCR method based on the three virulence genes was developed for detection of S. agalactiae isolated from tilapia. Furthermore, the established method was applied to detect tissue samples of tilapia collected from different farming areas in Guangdong Province. The detection result of S. agalactiae only amplified three specific bands, however there were no bands in the host and the other common bacterial pathogen strains in aquaculture, which indicated that the method had good specificity. The dynamic range of template concentration of S. agalactiae was 7.24×10-5~5.65 ng/μl. Sensitivity tests showed that the detection limit of the S. agalactiae in genomic DNA was 1.81×10-3 ng/μl, with a higher sensitivity. The positive rate for detection of 188 tissue samples isolated from tilapia using the triple PCR method was consistent with the positive rate by the conventional bacterial identification method. The triple PCR method was evaluated with the conventional method as the standard; diagnostic sensitivity (Dse) and diagnostic specificity (Dsp) were 100%. In summary, the results showed that the triple PCR method not only improved the accuracy and sensitivity of the detection, but also detected three virulence genes of S. agalactiae in the same reaction system. Therefore, this method provided a rapid, accurate, and efficient detection technology for monitoring S. agalactiae infection in harmless aquatic products and early warning of aquaculture diseases.
Key words: Tilapia    Streptococcus agalactiae    Virulence gene    Triple PCR    

无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)也称B簇链球菌(Group B streptococci, GBS),为兼性革兰氏阳性球菌(Rosinski-Chupin et al, 2013; Soto et al, 2015)。该菌宿主广泛,不仅能感染包括人在内的哺乳动物,还是养殖鱼类的重要病原(Schuchat et al, 1998)。罗非鱼为重要的世界性养殖鱼类,是联合国粮农组织(FAO)向全球推广养殖的优良品种,中国罗非鱼养殖年产量约为178万t,占世界罗非鱼总产量的三分之一以上,是水产品出口量最大的品种之一(2016中国渔业统计年鉴)。近年来,罗非鱼链球菌病日益严重,无乳链球菌作为其主要病原,传染力强,致死率高,由此产生的病害给罗非鱼养殖产业带来了巨大的经济损失(Evans et al, 2008; Kayansamruaj et al, 2015)。

罗非鱼无乳链球菌病发病较快,部分鱼从发病到死亡无明显病症,较难确定鱼体是否携带该病原菌,从而影响对病害的有效处理(程世亮等, 2016)。传统的病原菌分离和生理生化鉴定等方法,由于操作繁琐、检测周期长,不能达到快速检测目的(张新艳等, 2008; 卢迈新等, 2010);普通PCR方法,一次仅能检测1个基因,可能会造成漏检或误检(Wu et al, 2008);环介导等温扩增(LAMP)方法,具有灵敏度高、反应时间短、临床使用不需要特殊的仪器、操作简单等优点,但对引物设计要求比较高,有些基因可能不适用,还容易形成气溶胶污染,造成假阳性(甘文佳等, 2010);荧光定量PCR虽然具有较高的灵敏度,但检测仪器昂贵,对实验操作技术水平要求较高(Su et al, 2016)。因此,建立快速、精准、高效且适用于生产一线的无乳链球菌检测技术势在必行。

多重PCR在一次反应中能同时扩增多个目的片段的靶序列,具有高效、快捷、高度特异、敏感等优势,已经成为诸多实验室的常规诊断方法(毕艳妮等, 2014)。目前,多重PCR方法已用于养殖对虾中同时检测6种病毒(刘飞等, 2014)。本研究以无乳链球菌的毒力基因即透明质酸酶基因hylB、编码表面相关青霉素结合蛋白的ponA基因和CAMP因子的cfb基因为靶标,设计3对特异性引物,通过引物组合优化建立一种快速、高效、稳定、特异性好、灵敏度高的无乳链球菌三重PCR检测方法,旨在为无乳链球菌的快速检测和早期预警提供一种准确、高效的检测技术。

1 材料与方法 1.1 实验菌株

鱼源无乳链球菌标准株(ATCC51487)和人源无乳链球菌标准株(ATCC BAA-1138)购于中国微生物菌种保藏中心。来源于不同年份和地区的无乳链球菌分离株TZQ0901(2009年分离自广东省肇庆市)、TGZ1001(2010年分离自广东省高州市)、TYC1101 (2011年分离自广东省阳春市)、THZ1301(2013年分离自广东省惠州市惠东区)、GZN1501(2015年分离自广东省广州市)、TLC1601(2016年分离自广东省龙川县)均从宿主罗非鱼分离获得,海豚链球菌(S. iniae)、美人鱼发光杆菌杀鱼亚种(Photobacterium damselae subsp. piscicida)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、创伤弧菌(Vibrio vulnificus)均由实验室分离、鉴定并保存。

1.2 引物的设计与合成

根据GenBank中无乳链球菌3个特异性hylBponAcfb基因序列,通过Primer Premier 6.0软件设计相应的引物对(表 1),由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。

表 1 3对引物的信息 Table 1 The information of the three pairs of primers
1.3 DNA模板的制备

各实验菌株的DNA提取按照细菌基因组DNA提取试剂盒的操作说明,并保存于-20℃备用。罗非鱼组织中细菌DNA提取步骤,参照Su等(2016)的方法。首先取鱼组织约50 mg,放入组织匀浆器中研磨,加入1000 μl TE缓冲液,制成组织匀浆液。取上述匀浆液180 μl,加入20 μl浓度为50 mg/ml的溶菌酶,30℃孵育10 min,后续步骤均参照细菌DNA提取试剂盒进行。即得到高纯度的鱼(鱼包括体内细菌)基因组DNA,保存于-20℃备用。

1.4 反应条件的优化与建立

单一引物扩增采用25 μl反应体系:2×PCR DsMix 12.5 μl,引物F(10 μmol/L) 1.0 μl,引物R(10 μmol/L) 1.0 μl,DNA模板1.0 μl,ddH2O 9.5 μl。利用3对引物进行PCR扩增,反应体系组成:2×PCR DsMix 12.5 μl,各引物上、下游(10 μmol/L)分别为0.2~1.0 μl,DNA模板1.0 μl,补充ddH2O至25 μl。反应条件:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,55~60℃退火30 s,72℃延伸1 min,扩增30个循环;72℃延伸10 min。然后取5 μl扩增产物,在恒压120 V条件下,1%的琼脂糖凝胶电泳25 min检测结果。其中,无菌超纯水代替DNA模板的扩增结果为阴性对照。根据扩增结果,选择最佳的引物比例和退火温度。同时,将三重PCR方法所扩增的特异性片段送北京六合华大基因科技有限公司(广州)进行测序验证。

1.5 特异性实验

分别以鱼源无乳链球菌标准株(ATCC51487)、人源无乳链球菌标准株(ATCC BAA-1138)、6株罗非鱼无乳链球菌(TZQ0901、TGZ1001、TYC1101、THZ1301、GZN1501和TLC1601)、海豚链球菌、美人鱼发光杆菌杀鱼亚种、粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、创伤弧菌和迟缓爱德华菌的基因组DNA为模板,根据优化后的多重PCR反应条件和体系进行PCR扩增。

1.6 敏感性实验

测定提取的鱼源无乳链球菌标准株(ATCC51487)基因组DNA浓度,将样品浓度按照50、5-1、5-2、5-3、5-4、5-5、5-6和5-7进行梯度稀释后分别为模板DNA,采用优化的多重PCR反应体系和条件进行PCR扩增,确定三重PCR检测方法所需模板的最低浓度。

1.7 应用

利用构建好的三重PCR方法,检测来自广东省廉江市、高州市、吴川市、开平市、惠城区和龙川县6个不同罗非鱼养殖区188个罗非鱼组织样品。同时,利用常规细菌分离鉴定法对每份组织样品进行检测,比较这2种检测方法的结果。

1.8 无乳链球菌三重PCR检测方法的评价

根据世界动物卫生组织(OIE)《水生动物疾病诊断手册》(2016)所规定的原则,在95%以上的置信区间、允许误差5%范围内对188个罗非鱼组织样品进行检测,以常规细菌分离鉴定法为标准计算此三重PCR检测方法的诊断敏感性(Dse)和诊断特异性(Dsp)。

2 结果 2.1 三重PCR反应体系的优化

分别对各引物加入体系的体积和退火温度进行优化,优化后的最佳退火温度为57℃,反应体系优化结果见表 2。利用优化后的反应体系和反应条件进行无乳链球菌检测,出现3条特异性条带;使用单一引物分别扩增hylBponAcfb基因,均出现1条特异性条带,条带位置与预期结果一致(图 1)。此外,对送测序的特异性条带序列进行BLAST比对,与无乳链球菌hylBponAcfb基因的同源性均达到或超过99%,表明构建的三重PCR所扩增的特异性条带是准确的。

表 2 三重PCR反应体系试剂组成 Table 2 The content of the reagent in the reaction system of a triple PCR
图 1 3对引物和单一引物PCR扩增结果 Figure 1 The amplification of the single primer and three pairs of primers M: DL2000 bp marker;1:三重PCR的结果;2~4分别表示hylBponAcfb基因的扩增片段;5:阴性 M: DL2000 bp marker; Lane 1: the result of three pairs of primers; Lanes 2~4: Amplified fragments of hylB, ponA, and cfb; Lane 5: Negative control
2.2 特异性检测

特异性实验结果显示,鱼源无乳链球菌(ATCC51487)、人源无乳链球菌(ATCC BAA-1138)以及不同年份和地区的无乳链球菌分离株扩增结果一致,均扩增出3条目的条带。而以罗非鱼、美人鱼发光杆菌杀鱼亚种、粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、迟缓爱德华氏菌、海豚链球菌、创伤弧菌的基因组DNA为模板均未扩增出任何条带,与阴性对照结果相一致(图 2)。

图 2 三重PCR特异性检测结果 Figure 2 The pecificity result of triple PCR assay M:DL2000 bp marker;1:鱼源无乳链球菌(ATCC51487);2:人源无乳链球菌(ATCC BAA-1138);3:罗非鱼基因组;4:美人鱼发光杆菌杀鱼亚种;5:粪肠球菌;6:金黄色葡萄球菌;7:迟缓爱德华氏菌;8:海豚链球菌;9:创伤弧菌;10~15:扩增使用的模板为TZQ0901、TGZ1001、TYC1101、THZ1301、GZN1501和TLC1601;16:阴性对照 M: DL2000 bp marker; Lane 1: S. agalactiae ATCC51487; Lane 2: S. agalactiae ATCC BAA-1138; Lane 3: Tilapia genomic DNA; Lane 4: P. damselae subsp. piscicida; Lane 5: E. faecalis; Lane 6: S. aureus; Lane 7: E. tarda; Lane 8: S. iniae; Lane 9: V. vulnificus; Lanes 10~15: TZQ0901, TGZ1001, TYC1101, THZ1301, GZN1501, and TLC1601 of S. agalactiae; Lane 16: Negative control
2.3 灵敏性检测

以无乳链球菌基因组DNA浓度分别为5.65、1.13、2.26×10-1、4.52×10-2、9.04×10-3、1.81×10-3、3.62×10-4和7.24×10-5 ng/μl为模板进行PCR扩增,结果显示,三重PCR能检测到的无乳链球菌基因组DNA最低浓度为1.81×10-3 ng/μl(图 3)。

图 3 三重PCR敏感性检测结果 Figure 3 The sensitivity result of the triple PCR assay M:DL2000 bp marker;1~8:无乳链球菌模板浓度分别为5.65、1.13、2.26×10-1、4.52×10-2、9.04×10-3、1.81×10-3、3.62×10-4和7.24×10-5 ng/μl;9:阴性对照 M: DL2000 bp marker; Lanes 1~8: Template concentration of S. agalactiae as 5.65, 1.13, 2.26×10-1, 4.52×10-2, 9.04×10-3, 1.81×10-3, 3.62×10-4, and 7.24×10-5 ng/μl; Lane 9: Negative control
2.4 三重PCR检测方法的应用

采自廉江、龙川、高州、吴川、开平和惠东的罗非鱼样品阳性检出率分别为100%(4/4)、100%(8/8)、57.14%(4/7)、50%(2/4)、1.23%(2/159)和0(0/6);总体来看,188尾罗非鱼组织样品的阳性检出率为10.6% (20/188),均与常规细菌分离鉴定结果相一致(表 3)。

表 3 组织样品检测结果 Table 3 The detection result of the tissue samples
2.5 三重PCR检测方法的评价结果

以常规细菌分离鉴定方法为标准,根据Dse和Dsp计算公式得出本研究所建立的三重PCR检测方法的Dse和Dsp均为100%(表 4)。

表 4 两种不同的方法对组织样品的检测 Table 4 Two different methods for detection of the tissue samples
3 讨论

罗非鱼是我国主要的水产品养殖和出口品种之一,近几年,由于罗非鱼产品不合格(农兽药残留、品质不合格、微生物污染、食品添加剂超标等),出口严重受阻(赵海军等, 2015)。其中,由无乳链球菌带来的病害给罗非鱼养殖产业带来的损失最为严重。水产品中微生物的检测方法主要有生化培养法、免疫学法和核酸检测法等(应晓国等, 2017),王远微等(2008)利用三重PCR对临床疑似样本的检出率为81.8%,对人工攻毒样本的检出率为87.5%,两组数据均高于用细菌分离的检出率(40.9%和67.5%),说明多重PCR可避免单个毒力基因进行检测时漏检情况的发生,同时也暗示多重PCR比细菌分离技术更灵敏。

基于PCR技术的无乳链球菌检测方法大多选取靶标基因为16S~23S rRNA间区序列、sip和荚膜多糖类编码基因等(王均等, 2011; Forsman et al, 1997)。无乳链球菌普遍存在20多种毒力基因(Lin et al, 2011),透明质酸酶(Hyl)是无乳链球菌重要的毒力因子,有助于链球菌在巨噬细胞内存活并影响巨噬细胞促炎性因子的表达,在无乳链球菌致病过程中起关键作用(Wang et al, 2014)。青霉素结合蛋白(PBP1a)在GBS抗吞噬清除中起重要作用(Hamilton et al, 2006; Jones et al, 2000),蔡朝阳等(2006)发现青霉素结合蛋白的改变与金黄色葡萄球菌对甲氧西林等β-内酰胺类抗生素以及万古霉素等糖肽类抗生素耐药有密切关系,影响药物作用的靶位,阻止抗生素的杀菌作用。CAMP因子认为是具有成孔性质的分泌蛋白,在GBS致病过程中发挥重要作用(Udo et al, 2013)。通过基因组的数据检索确认,不同来源的(包括人及其他动物源)无乳链球菌均包含上述3种毒力基因,说明它们在病原体的侵入、繁殖与扩散及抵抗机体防御中起关键作用(Casadevall et al, 2001),因此,选择hylBponAcfb毒力基因设计引物检测罗非鱼无乳链球菌十分必要。

多重PCR方法具有特异性好、灵敏度高的优点,被广泛应用于水产病原的检测。曾伟伟等(2013)针对草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus, GCRV)各类型毒株的保守序列,建立了GCRV的三重PCR检测方法;危芙蓉等(2010)根据广州管圆线虫核糖体小亚基rDNA基因序列设计特异性引物,并与小管福寿螺16S rDNA的特异性引物组合,建立了检测小管福寿螺体内广州管圆线虫的多重PCR方法;李晨等(2010)根据水产上常见病原菌鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、迟缓爱德华氏菌(E. tarda)的毒力相关基因,建立了同时检测3种菌的单管多重PCR方法。本研究中,用单一引物分别扩增hylBponAcfb基因,可获得特异性扩增条带,将上述3对引物组合并优化出多重PCR条件和体系,可同时扩增出3条特异性条带。Su等(2016)研究发现,以无乳链球菌的一些毒力基因(如sipcpsE)为靶标设计引物进行PCR扩增,存在跟其他病原菌基因组DNA交叉反应的现象,而本研究中未能在其他水产动物病原菌基因组中扩增出条带,表明所建立的三重PCR检测方法特异性强。灵敏度测试发现,本研究所构建的方法可检测到浓度为1.81×10-3 ng/μl的细菌基因组DNA,比黄锦炉等(2012)构建的三重PCR检测方法灵敏度提高了近200倍。运用本研究构建的三重PCR方法检测广东省各地区罗非鱼组织样品的阳性检出率为10.6%(20/188),与细菌分离鉴定的结果吻合,说明三重PCR在罗非鱼样品检测过程中具有广阔的应用前景。该三重PCR检测方法准确性高、特异性强、灵敏度高,为罗非鱼无乳链球菌病的诊断、大规模检疫、流行病学调查等提供了一种快速、准确而有效的方法。

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