长吻<img src="PIC/yykxjz-43-4-127-M1.jpg"/>单核苷酸多态性标记与生长性状关联分析

引用本文

李哲, 李雨, 敬庭森, 刘小莉, 闫卉果, 陆安帅, 周剑, 罗辉, 叶华. 长吻

单核苷酸多态性标记与生长性状关联分析[J]. 渔业科学进展, 2022, 43(4): 127-135. DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20210412001.

LI Zhe, LI Yu, JING Tingsen, LIU Xiaoli, YAN Huiguo, LU Anshuai, ZHOU Jian, LUO Hui, YE Hua. Correlation Analysis of SNP Markers and Growth Traits of Leiocassis longirostris[J]. Progress in Fishery Sciences, 2022, 43(4): 127-135. DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20210412001.

基金项目

国家自然科学基金资助项目(31402302)、中央高校基本科研业务费资助项目(XDJK2017B008)和西南大学荣昌校区青年基金资助项目(20700938)共同资助

作者简介

李哲，E-mail: 2892500707@qq.com

通讯作者

叶华，教授，E-mail: yhlh2000@126.com

文章历史

收稿日期：2021-04-12
收修改稿日期：2021-05-12

Contents Abstract Full text Figures/Tables PDF

长吻

单核苷酸多态性标记与生长性状关联分析

李哲 ¹, 李雨 ¹, 敬庭森 ¹, 刘小莉 ¹, 闫卉果 ¹, 陆安帅 ¹, 周剑 ², 罗辉 ¹, 叶华 ¹

1. 西南大学水产学院重庆 402460;
2. 四川省水产研究所四川成都 611731

收稿日期：2021-04-12；收修改稿日期：2021-05-12

基金项目：国家自然科学基金资助项目(31402302)、中央高校基本科研业务费资助项目(XDJK2017B008)和西南大学荣昌校区青年基金资助项目(20700938)共同资助

作者简介：李哲，E-mail: 2892500707@qq.com.

通讯作者：叶华，教授，E-mail: yhlh2000@126.com.

摘要：为开发长吻

(Leiocassis longirostris)生长性状相关的分子标记，为其分子辅助育种提供基础资料，以115尾长吻

为研究对象，运用57个单核苷酸多态性标记(SNPs)位点与体重、全长、体长和头高进行关联分析。结果显示，有10个SNPs位点与生长性状显著相关，其中3个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_111833和Cluster-65_137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响(P < 0.05)；3个SNPs位点(Cluster-65_120392、Cluster-65_5592_0和Cluster-65_105077)对体重、全长和体长有显著影响(P < 0.05)；Cluster-65_110382对全长、体长和头高有显著影响(P < 0.05)；Cluster-65_19497和Cluster-24304_1对全长和体长有显著影响(P < 0.05)；Cluster-65_130153对体长和头高有显著影响(P < 0.05)。此外，Cluster-65_137265、Cluster-65_111833、Cluster-65_110382和Cluster-65_137642分别与阴离子交换蛋白2样亚型X1 (anion exchange protein 2-like isoform X1)神经突起导向因子4样(netrin-4-like)、酪氨酸蛋白激酶Tec亚型X2 (tyrosine-protein kinase Tec isoform X2)和氨甲酰磷酸合成酶1 (carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial, CPS1)相似度最高，表明这4个基因可能参与调控了长吻

的生长。对与生长相关的10个SNPs位点进行多态性检测，平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.537和0.467，平均多态信息含量为0.357。本研究为长吻

的遗传改良和选择育种提供了基础资料，并首次发现了4个可能与长吻

生长相关的基因。

关键词：长吻

SNP 生长性状关联分析

Correlation Analysis of SNP Markers and Growth Traits of Leiocassis longirostris

LI Zhe ¹, LI Yu ¹, JING Tingsen ¹, LIU Xiaoli ¹, YAN Huiguo ¹, LU Anshuai ¹, ZHOU Jian ², LUO Hui ¹, YE Hua ¹

1. Fisheries Breeding and Healthy Cultivation Research Centre, Southwest University, Chongqing 402460, China;
2. Fisheries Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences, Chengdu, Sichuan 611731, China

Corresponding author: YE Hua, E-mail: yhlh2000@126.com.

Fund: This work was supported by National Natural Science Foundation of China (31402302), Fundamental Research Funds for the Central Universities (XDJK2017B008), and Youth Fund Project of Southwest University Rongchang Campus (20700938)

Abstract: In this study, a correlation analysis of 57 single nucleotide polymorphism (SNP) markers and growth-related traits of Leiocassis longirostris was conducted using 115 samples under the same growth conditions. The results showed that 10 loci were related to growth-related traits. Among them, three (cluster-65_137265, cluster-65_111833, and cluster-65_137642) loci had a significant influence on growth-related traits (body weight, total length, body length, and head height) (P < 0.05). Cluster-65_120392, cluster-65_105077, and cluster-65_5592_0 had significant influences on body weight, total length, and body length (P < 0.05). Cluster-65_110382 significantly influenced total length, body length, and head height (P < 0.05). Cluster-65_19497 and cluster-24304_1 had a significant influence on the total length and body length (P < 0.05). Cluster-65_130153 significantly influenced body length and head height (P < 0.05). We also estimated the genetic diversity parameters for the 10 loci. The mean observed heterozygosity, expected heterozygosity, and the polymorphism information content (PIC) were 0.537, 0.467, and 0.357, respectively. In addition, cluster-65_137265, cluster-65_111833, cluster-65_110382, and cluster-65_137642 were associated with anion exchange protein 2-like isoform X1, Netrin-4-like, Tec isoform X2, anion exchange protein 2-like isoform X1, and carbamoyl-phosphate synthase [ammonia] have the highest similarity, respectively. This finding indicates that these four genes may be involved in the regulation of L. longirostris growth. The study provides primary data for the genetic improvement and selective breeding of L. longirostris.

Key words: Leiocassis longirostris SNP markers Growth traits Correlation analysis

长吻(Leiocassis longirostris)俗称鱼，属鲶形目(Siloriformes)、鲿科(Bagridae)、属(Leiocassis)，因其吻部较一般鱼长，故名长吻(邓楠楠等, 2018)。长吻肉质细嫩，口感爽滑，且肌间刺少，非常鲜美，民间素有“不食江团，不知鱼味”之说，特别是长吻的鳔十分肥厚，干制成“鱼肚”是享誉中外的珍肴(Liang et al, 2016; 吴清江, 1975)。长吻背部呈黑色，腹部灰白色，是一种温水型鱼类，多分布于我国长江干流、通江湖泊和各大支流的下游水域(Shen et al, 2014; Zhu et al, 2005)。但由于人工捕捞、水利工程建设等影响，野生长吻资源急剧衰减，从而影响了长吻生态资源的保存(Yang et al, 2012; Xiao et al, 2012; Shen et al, 2011)。因此，为保证长吻养殖产业的可持续发展，开展长吻的良种选育刻不容缓。

研究表明，相对于传统育种，分子标记辅助育种可以提高育种速度近11% (Gomez-Raya et al, 1999)。单核苷酸多态性(SNPs)是第3代分子标记技术，具有高遗传稳定性、高密度、便于自动化分析等优点，已被广泛应用于群体遗传学、遗传图谱构建、个体识别、亲缘关系鉴定和分子标记辅助育种的研究中(Vignal et al, 2002)。关联分析能将分子标记的遗传变异与生长性状联系起来，是实现分子标记辅助育种的有效方法(董玉等, 2016)。目前，运用关联分析筛选与生长性状相关联的SNPs标记已在农作物(李兆波等, 2010)和家畜(石磊等, 2007)中广泛开展，也在水产动物中得到了广泛应用，多位学者先后进行了SNP标记与中华鳖(Pelodiscus sinensis)(李纯, 2017)、建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)(陶文静等, 2011)、尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus) (王春晓等, 2015)、草鱼(Ctenopharyngodon idella) (张猛, 2016)、大口黑鲈(Micropterus salmoides) (李胜杰等, 2018)、刺参(Apostichopus japonicus) (刘安然等, 2019)等水产动物生长性状的关联分析。

本研究随机挑选同批繁殖的长吻作为研究对象，从本实验室构建的长吻肝脏转录组数据库中随机挑选57个SNP，并分析这些SNPs位点与长吻生长性状(体重、全长、体长和头高)的相关性，以期为长吻分子辅助育种和遗传改良提供基础资料。

1 材料与方法 1.1 实验材料

本研究所用材料取自四川省农科院水产研究所的四川岷江中游珍稀鱼类保护基地，随机选取115尾同批次人工繁殖且饲养条件一致的14月龄的长吻，经浓度为100 mg/L的丁香酚溶液麻醉后，测定其体重、全长、体长和头高，并剪取部分背鳍保存于无水乙醇中备用。

1.2 SNP标记开发

本研究所用的SNP来自本实验室从长吻肝脏转录组数据开发的SNP(未发表)，随机挑选57个与氨基酸代谢、发育、内分泌系统、能量代谢、碳水化合物代谢、细胞生长与死亡和消化系统等相关基因的SNP用于基因分型。

1.3 实验方法 1.3.1 基因组DNA提取

剪取20 mg左右的鳍条，采用上海生工Ezup柱式动物基因组DNA抽取试剂盒提取基因组DNA，操作参照说明进行。采用浓度为1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量，并在4℃保存。

1.3.2 SNPs分型检测

根据SNP位点序列信息，使用Sequenom公司的引物设计软件Assay design 3.1，设计PCR反应和单碱基扩展引物合成。PCR反应体系为5 μL：1.75 μL超纯水，0.625 μL 10×PCR buffer (含15 mmol/L的MgCl₂)，0.1 μL dNTP Mix，0.325 μL MgCl₂，1 μL Primer Mix，0.2 μL HotStar Taq，1 μL DNA。PCR反应程序：94℃预变性2 min；94℃变性20 s，退火温度56℃ 30 s，72℃延伸60 s，共45个循环；72℃终延伸3 min，4℃保存。为了消除PCR扩增产物中多余的dNTP和引物，进行SAP消化，反应体系为2 μL：1.53 μL超纯水，0.17 μL的10×SAP buffer，0.3 μL浓度为1.7 U/μL的SAP。SAP反应程序：37℃消化40 min，最后85℃灭活5 min，保存于4℃。采用延伸反应对SNP进行多重单碱基延伸，反应体系为2 μL：0.76 μL超纯水，0.2 μL 10× iPLEX buffer plus，0.2 μL iPLEX terminator，0.8 μL Primer Mix，0.04 μL iPLEX酶。延伸反应程序：94℃预变性30 s；94℃变性5 s；退火温度52℃ 5 s，80℃延伸5 s，按1次变性循环5次退火和延伸循环的方式，共45个循环；72℃终延伸3 min，于4℃保存。最后将反应产物(共9 μL)稀释3倍，树脂脱盐，将脱盐后的样品点在样品靶上，自然结晶，MassARRAY质谱仪进行质谱检测，采用MassARRAY typer4对SNP进行分型检测。

1.4 数据处理 1.4.1 遗传特性分析

采用POPGENE 3.2计算观测杂合度、期望杂合度和表示Hardy-Weinberg平衡(HWE)偏差的P值。多态性信息含量(PIC)由Botstein等(2014)提出的公式计算。

1.4.2 SNPs与性状的关联分析

采用SPSS 20.0对长吻体重、全长、体长和头高进行正态分布检验与相关性检测。然后进行其生长性状的主成分分析，按累计贡献率85%提取主成分。采用T检验分析各SNP位点与生长性状的相关性，并用Duncan法进行多重比较分析，在0.05水平下检测显著性。

2 结果与分析 2.1 生长性状分布

运用SPSS 20.0对115尾长吻体重、全长、体长和头高进行正态分布检验。本研究所用实验鱼平均体重为154.107 g，平均全长、体长和头高分别为26.431、21.316和3.668 cm。正态分布检验结果显示各性状的P值均大于0.05，符合正态分布，均具有连续遗传变异的特点(表 1)。

表 1 长吻

体重、全长、体长和头高的正态分布检验 Tab.1 Normal distribution of body weight, total length, body length, and head height of L. longirostris

2.2 各性状相关性和主成分分析

对115尾长吻的生长性状进行降维处理，结果如表 2所示。按照选择k个较大特征值来满足主成分的累计贡献率大于85%的要求，长吻提取1个主成分便满足了入选主成分的条件。长吻生长的第一主成分的特征值是3.665，累计贡献率为91.617%。由性状的第一主成分的成份矩阵可知，第一主成分可称为增长、增重因子(表 3)。

表 2 长吻

生长性状的主成分分析 Tab.2 Principle component analysis on growth traits of L. longirostris

表 3 长吻

体重、全长、体长和头高的相关性检验及性状的成份矩阵 Tab.3 Correlation test on body weight, total length, body length, and head height and component matrix on growth traits of L. longirostris

对长吻体重、全长、体长和头高进行相关性检验。结果显示，体长和全长的相关系数最高，达到0.964；体长和头高的相关系数最低，为0.827。各性状之间具有极显著的相关性(P < 0.01)(表 3)。

2.3 SNPs位点与生长性状的相关性

运用SPSS 20.0对57个SNPs位点与体重、全长、体长和头高进行连锁显著性分析，T检验结果以及与生长性状相关的SNP位点引物信息如表 4所示。在随机挑选的57个SNPs中，共有来自氨基酸代谢、发育、内分泌系统、碳水化合物代谢、细胞生长与死亡和消化系统等基因的10个SNPs位点对生长性状产生了显著影响(P < 0.05)。

表 4 长吻跪SNPs位点基因型与生长性状的关联分析及引物信息 Tab.4 The primer information and correlation analysis between genotypes of SNPs and growth traits of L.longirostris

编号No.	突变碱基SNP	序列Primer sequence (5'-3')	分型 Genotype	数目 Number	体重 Body weight/g	全长 Total length/cm	体长 Body length/cm	头高 Head height/cm
Cluster-65_105077	A/G	F: ACGTTGGATGAGAACCAAGTCCGAACCCAC	GG	39	137.641±42.242^a	25.482±2.577^a	20.700±2.226^a	3.574±0.433^a
		R: ACGTTGGATGTGATAAGCCGGTGTCGATCC	AG	62	161.9952±48.224^b	26.932±2.529^b	21.616±2.295^b	3.7182±0.440^a
		E: AACCCACCACCACGGTCAC	AA	14	165.043±45.777^ab	26.857±2.195^ab	21.700±1.693^ab	3.707±0.446^a
C1uster-65_120392	C/T	F: ACGTTGGATGGACATTAACATCCCTGTGCC	CC	20	155.775±45.057^ab	26.780±2.667^a	21.705±2.085^a	3.645±0.438^a
		R: ACGTTGGATGGTGCTAAAGTTAGCGTCTCC	TT	15	127.807±44.920^a	24.673±2.496^b	19.9472±2.091^b	3.507±0.509^a
		E: TGAGCCACCTTTGCGTAAC	TC	66	158.327±45.066^b	26.620±2.482^a	21.397±2.258^a	3.6862±0.423^a
Cluster-65_137265	G/T	F: ACGTTGGATGAAAGGTGCATGCGTAGAGTG	GT	43	138.214±46.964^a	25.4652±2.674^a	20.495±2.165^a	3.549±0.449^a
		R: ACGTTGGATGATGATGCTGCTTCTGATGCC	TT	61	164.256±44.144^b	27.080±2.386^b	21.979±1.972^b	3.749±0.411^b
		E: TCCAAAATATCACCCGGACCAT	GG	11	159.955±50.930^ab	26.609±2.241^ab	20.845±2.842^ab	3.682±0.494^ab
C1uster-65_19497	C/T	F: ACGTTGGATGCTATCGCTCACCTCCTCAG	CT	86	154.512±46.150^a	26.513±2.608^a	21.402±2.206^a	3.676±0.455^a
		R: ACGTTGGATGTATGACTGAAGAGCTCGGTG	CC	15	135.087±42.340^a	25.067±2.203^b	20.033±2.202^b	3.520±0.388^a
		E: TCTCTCCTGAGAGCTCAGCAGT	TT	9	165.511±36.877^a	27.356±2.043^a	22.122± 1.686^a	3.733±0.255^a
C1uster-24304_1	T/C	F: ACGTTGGATGCGGTAATGACAGGACCAAAC	CC	18	143.722±39.081^a	25.578± 1.943^a	20.439± 1.956^a	3.5722±0.468^a
		R: ACGTTGGATGCAGATGTGCAGGGTAAGAAC	TC	87	153.584±48.810^a	26.408±2.660^a	21.340±2.275^ab	3.671±0.436^a
		E: GTGGTGCTGTGCTGGAGACC	TT	10	177.350±40.552^a	28.170±2.170^b	22.680±1.711^b	3.810±0.420^a
C1uster-65_110382	T/C	F: ACGTTGGATGAACTCTGACCTGATGTCTCC	CC	33	163.209±45.108^a	26.748±2.305^ab	21.6702±1.900^ab	3.770±0.409^a
		R: ACGTTGGATGGTGTATTGGCCATCTACATC	TC	74	147.618±47.763^a	26.072±2.679^a	20.972±2.358^a	3.586±0.441^b
		E: TGGCCATCTACATCACACAC	TT	8	176.588±40.496^a	28.450±1.645^b	23.038±1.272^b	4.000±0.334^a
C1uster-65_111833	A/G	F: ACGTTGGATGGCCATTCTGATCAGTGTGTG	GG	13	164.6772±56.700^ab	26.7852±2.546^ab	21.2622±2.584^ab	3.7462±0.489^ab
		R: ACGTTGGATGACTTGCCATGCACCACATTG	AG	40	139.888±43.220^a	25.478±2.482^a	20.445±2.136^a	3.513±0.401^a
		E: CCCTGGCCACACCCAATC	AA	62	161.065±45.994^b	26.973±2.510^b	21.889±2.066^b	3.752±0.433^b
C1uster-5592_0	C/T	F: ACGTTGGATGAGTGTGGTGAGACCTTTGAC	CT	56	145.905±45.270^a	25.939±2.608^a	20.909±2.191^a	3.600±0.414^a
		R: ACGTTGGATGGCAGCACTGAACACAACAAC	CC	28	160.579±44.968^ab	26.593±2.005^ab	21.404±1.993^ab	3.718±0.443^a
		E: CAGTAGGAGCTTCATGCACAGAGA	TT	28	168.257±50.247^b	27.321±2.764^b	22.086±2.363^b	3.746±0.467^a
C1uster-65_137642	A/G	F: ACGTTGGATGACAGTGGTGGTGAACCACAA	AA	53	144.709±45.839^a	26.040±2.645^a	20.974±2.317^a	3.581±0.473^a
		R: ACGTTGGATGGCGTCAGCTCCTCGAAATAG	AG	47	157.257±46.915^ab	26.521±2.498^ab	21.368±2.143^ab	3.721±0.4 18^ab
		E: AACCACAACCCAGAGAC	GG	14	184.393±38.275^b	27.957±1.823^b	22.7142±1.509^b	3.864±0.259^b
C1uster-65 130153	G/T	F: ACGTTGGATGCAGCTCACTGGAAC AAAATG	GT	17	139.429±42.790^a	25.535±2.255^a	20.341±2.186^a	3.471±0.409^a
		R: ACGTTGGATGGATTAGCCATTTCCACAAAGG	GG	41	152.153±47.713^a	26.278±2.430^a	21.273±2.030^ab	3.654±0.434^ab
		E: CTTTAAGCAAATTACATGCTGTATA	TT	57	159.889±47.111^a	26.809±2.732^a	21.637±2.336^b	3.737±0.440^b
注: 同列中不同的小写字母表示差异显著(P < 0.05)。 Note: The different superscript lowercase letters within the same column mean significant1y difference at 0.05 level.

表 4 长吻跪SNPs位点基因型与生长性状的关联分析及引物信息 Tab.4 The primer information and correlation analysis between genotypes of SNPs and growth traits of L.longirostris

消化系统相关基因的SNP位点Cluster-65_137265、发育相关基因的SNP位点Cluster-65_111833和氨基酸代谢相关基因的SNP位点Cluster-65_137642对所测量的4个生长性状均有显著影响(P < 0.05)。内分泌系统相关基因的SNP位点Cluster-65_120392、发育相关基因的SNP位点Cluster-65_105077和细胞生长与死亡相关基因的SNP位点Cluster-65_5592_0对体重、全长和体长有显著影响(P < 0.05)。发育相关基因的SNP位点Cluster-65_110382对全长、体长和头高有显著影响(P < 0.05)。氨基酸代谢相关基因的SNP位点Cluster-65_19497和消化系统相关基因的SNP位点Cluster-24304_1对全长和体长有显著影响(P < 0.05)。碳水化合物代谢相关基因的SNP位点Cluster-65_130153对体长和头高有显著影响(P < 0.05)。

在这10个SNPs位点中，5个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_5592_0、Cluster-65_130153、Cluster-65_137642和Cluster-65_19497)的纯合突变基因型个体在体重、全长、体长和头高的均值均大于杂合突变基因型和未发生突变的个体。此外，在2个SNPs位点(Cluster-65_110382和Cluster-24304_1)中，未发生突变的个体在体重、全长、体长和头高的均值均大于杂合突变基因型和纯合突变基因型的个体。

2.4 SNPs位点多态性分析及注释信息

10个SNPs位点的多态性检测结果及所在基因序列注释信息见表 5。10个SNPs位点的观测杂合度范围为0.350~0.781，期望杂合度范围为0.411~0.502，平均值分别为0.537和0.467。在10个SNPs位点中，Cluster-65_120392、Cluster-24304_1、Cluster-65_110382和Cluster-65_19497这4个位点出现极显著偏离哈代–温伯格平衡的现象(P < 0.01)，Cluster-65_130153出现显著偏离哈代–温伯格平衡的现象(P < 0.05)。此外，10个SNPs位点均具有中度多态性(0.25≤PIC < 0.5)。将10个与生长性状显著关联的SNPs位点所处基因的序列在NCBI在线数据库中进行BLASTn分析，详细的unigene注释信息见表 5。

表 5 长吻

10个SNPs位点的特征及注释信息 Tab.5 The features and gene annotation prediction of 10 SNPs of L. longirostris

3 讨论 3.1 长吻

SNP标记开发

SNPs是基因组中分布最稳定的点突变，且它比微卫星等重复序列多态标记具有更高的遗传稳定性。研究表明，使经济性状产生差异的SNPs位点对分子标记辅助育种具有重要意义(Feng et al, 2008)，这也使得SNPs与生长性状的关联分析广泛应用于分子标记辅助育种。曹婷婷等(2012)分析与草鱼消化能力相关的羧肽酶A部分片段中的2个SNPs的多态性，发现A36C位点与增重具有显著相关性。陈雪峰等(2010)分析吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus)中控制生长和脂肪沉积的胰岛素生长因子2中的SNPs的多态性，发现外显子3161 nt在雄鱼中与增重显著相关。杨月静等(2018)基于转录组测序得到的SNPs位点，随机挑选了26个SNPs位点，结果表明4个SNPs位点对齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的生长性状有显著影响，SNP标记准确率为15.38%，其中，ug25050-0-1678和ug22712-0-2452对增重有显著影响。本研究从本实验室开发的SNPs位点，随机挑选57个SNPs位点，结果表明，10个SNPs位点对长吻生长性状有显著影响，SNP标记准确率为17.54%，这高于杨月静等(2018)和李胜杰等(2018)的研究结果，这是因为在挑选SNPs位点时，存在不确定性和随机性。

遗传杂合度和多态信息含量是测量和评价遗传标记效用的参数，一般认为，PIC是衡量基因变异程度高低的较好指标(Beacham et al, 2004; Kalinowski et al, 2002)。本研究筛选得到10个与生长性状相关的SNPs位点，均达到中度多态性。这一结果与在齐口裂腹鱼(杨月静等, 2018)、大菱鲆(Scophthalmus maximus) (王婷等, 2014)、大口黑鲈(李胜杰等, 2018)中的研究结果一致，即SNPs位点的PIC均属于低度多态性和中度多态性。这是因为SNP标记是一种典型的两等位基因标记，不具有微卫星标记的高多态性特点，但SNP在基因组中广泛存在，弥补了多态性较低的不足(Emahazion et al, 1999; Wang et al, 1998)。

3.2 SNP标记与长吻

生长性状的相关性

SNP标记与长吻生长性状的相关性分析显示，有9个SNPs位点和长吻全长显著相关，表明长吻的全长受多个基因(位点)控制，存在基因连锁或多因一效的现象，符合同一数量性状是由多对基因控制的理论(董玉等, 2016; 喻树迅等, 2002)。此外，本研究选取了与氨基酸代谢、发育、内分泌系统、能量代谢、碳水化合物代谢、细胞生长与死亡和消化系统等相关基因的SNP，在最终结果中，来自氨基酸代谢、发育、内分泌系统、细胞生长与死亡和消化系统相关基因的6个SNPs位点对长吻体重显著相关，符合鱼类的生长是由多种生理途径调控的理论(Santis et al, 2007)。同时，本研究中，10个SNPs位点均与长吻 2个及以上的生长性状显著相关，例如，3个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_111833和Cluster-65_137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响，表明体重、全长、体长和头高4种生长性状之间存在一定的相关性，这对长吻不同生长性状的间接良种选育具有重要意义(董玉等, 2016)。其次，对长吻生长性状的主成分分析结果表明，体重是长吻生长性状的第1主成分，且累计贡献率超过92%，表明直接运用对长吻体重产生显著影响的SNPs位点可以在保证标记准确性的前提下有效节约成本。本研究中对长吻生长性状产生显著影响的SNPs位点有10个，但仅有6个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_111833、Cluster-65_137642、Cluster-65_ 120392、Cluster-65_5592_0和Cluster-65_105077)对长吻的体重产生显著性影响，在实际应用中可利用这6个SNPs标记对长吻进行良种选育。

目前，利用SNPs位点与生长性状关联分析发掘与生长相关的基因也得到了应用。在李胜杰等(2018)的研究中，发现CL1452.Contig9_All-847标记所处的基因序列与RILP like protein相似，并推测RILP基因是大口黑鲈生长相关的功能基因。本研究中，Cluster-65_110382标记所处的基因序列与酪氨酸蛋白激酶Tec亚型X2 (tyrosine-protein kinase Tec isoform X2)相似度最高。钟明贵等(2006)的研究表明，在小鼠(Mus musculus)的肝脏中，Tec和Stat3同时发生活化，提示Tec可能参与了HGF介导的Ras-MPAK-REK1/2信号转导途径，从而影响细胞分裂增殖、分化及离散等变化。在本研究中，该标记的TT基因型在体重、全长、体长和头高的均值均高于TC和CC基因型，表明该标记的突变可能影响了基因表达产物对细胞的分裂增殖的调控，从而调控了长吻的生长。此外，Cluster-65_137265、Cluster-65_111833和Cluster-65_137642位点对所测量的4个生长性状均有显著影响(P < 0.05)。经序列分析发现，Cluster-65_137265标记所处的基因序列与氨甲酰磷酸合成酶1 (carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial)相似度最高。研究表明，CPS1编码的线粒体酶能催化氨和碳酸氢盐合成氨甲酰磷酸，在尿素循环中扮演重要的角色(林雅宁, 2011)。通过GO分析发现，CPS1富集到机体的尿素循环、氮化合物代谢过程和蛋白水解等生物过程。可能表明Cluster-65_ 137265标记的突变影响了基因表达产物对氨的去除以及对蛋白质水解的调控，从而影响长吻的生长。Cluster-65_111833标记所处的基因序列与神经突起导向因子4样(netrin-4-like)相似度最高。研究发现，敲除斑马鱼HT080细胞中的netrin-4后，HT080细胞的增殖能力增强(贾茵, 2014)，可能表明该基因通过调节细胞的增殖来影响长吻的生长。Cluster-65_137265标记所处的基因序列与阴离子交换蛋白2样亚型X1 (anion exchange protein 2-like isoform X1)相似度最高，Pathway network显示SLC4A3的相关途径包括葡萄糖和其他糖类的转运，胆盐和有机酸，金属离子和胺化合物以及肝ABC转运蛋白的转运，可能揭示该基因在长吻中通过参与其他相关途径影响了长吻的生长。推测这4个基因可能是与长吻生长相关的功能基因，对生长发挥调控作用。

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