文章摘要
罗氏沼虾“铁虾”眼柄转录组研究
Study on the Eyestalk Transcriptome of Macrobrachium rosenbergii Suffering from Iron Prawn Syndrome
投稿时间:2021-02-06  修订日期:2021-03-24
DOI:
中文关键词: 罗氏沼虾  铁虾  眼柄  转录组
英文关键词: Macrobrachium rosenbergii  iron prawn syndrome  eyestalk  transcriptome
基金项目:
作者单位邮编
王国浩 上海海洋大学水产与生命学院 上海中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛 266071
董 宣 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛 266071
王一婷 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛大连海洋大学水产与生命学院 大连 
郭晓萌 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛青岛农业大学海洋科学与工程学院 青岛 
王德浩 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛山东农业大学动物科技学院 泰安 
孟凡增 上海海洋大学水产与生命学院 上海国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛 
黄 倢 上海海洋大学水产与生命学院 上海中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 农业农村部海水养殖病害防治重点实验室 青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室 青岛亚太水产养殖中心网泰国 曼谷, 江苏数丰水产种业有限公司高邮。 
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中文摘要:
      为探索罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)“铁虾”的分子机制,采用高通量测序平台(Illumina Hiseq-2500)分别对罗氏沼虾“铁虾”和正常罗氏沼虾开展转录组测序,进行生物信息学分析。结果显示,高通量测序共获得56.42G高质量数据,拼接后得到221901条Unigene,其中10357条得到注释。2003个基因在“铁虾”眼柄中差异表达,包括1209个上调基因和794个下调基因。差异表达分析显示催乳素、雌激素、胰岛素、促性腺激素释放激素、胰高血糖素、催产素、谷氨酸能突触、5-羟色胺能突触等与生殖调控相关激素的代谢过程在“铁虾”与正常虾眼柄之间存在差异。此外,一些已被证明在免疫反应中起重要作用的基因在“铁虾”眼柄中显著上调,如C型凝集素、凝集素、组织蛋白酶B、组织蛋白酶L、甲壳素4等。516个基因被注释到242条KEGG通路中,注释到溶酶体、吞噬体、抗原呈递处理、细胞凋亡、内吞作用等多条与免疫相关的途径,支持“铁虾”罗氏沼虾存在病原感染的结论。本研究为了解罗氏沼虾“铁虾”的原因及分子机制奠定了基础。
英文摘要:
      To investigate the molecular mechanism of Macrobrachium rosenbergii with iron prawn syndrome (IPS), we performed transcriptome sequencing of M. rosenbergii with IPS and normal M. rosenbergii using high-throughput sequencing technology (Illumina Hiseq-2500) and bioinformatics analysis. The results showed that 56.42 G high-quality data were obtained using high-throughput sequencing. In total of 221901 unigenes were obtained and 10357 were annotated. 2003 genes including 1209 up-regulated genes and 794 down-regulated genes were differentially expressed in the eyestalks of M. rosenbergii with IPS. Differential expression analysis revealed that prolactin, estrogen, insulin, gonadotropin-releasing hormone, glucagon, oxytocin, glutamatergic synapses, 5-hydroxytryptaminergic synapses and other metabolic processes related to reproductive regulation were different between M. rosenbergii with IPS and normal prawn. In addition, some genes that have been proved to play an essential role in immune response were significantly up-regulated in the eyestalks of M. rosenbergii with IPS, such as C-type lectin, lectin, cathepsin B, cathepsin L, chitin 4, etc. 516 genes were annotated into 242 KEGG pathways, including lysosomes, phagosomes, antigen presentation processing, apoptosis, endocytosis and many other immune-related pathways, suggesting the possibility of pathogenic microbial infection. This study laid a foundation for understanding the causes and molecular mechanism of M. rosenbergii with IPS.
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