在“珍珠贝育种规划（Pearl Oyster Breeding scheme, POBs）”中，马氏珠母贝的两个地理种群——印度养殖种群和三亚野生种群正在作为两个基础群（Basic population）建立专门化品系，通过杂交获得杂种优势，构建杂交配套系以培育优良品种。从形态上看，印度养殖种群体个体大，而三亚野生种群体个体小；三亚野生种群的壳宽系数为018，大于印度养殖种群的015，三亚野生种群的贝体外形较凸，而印度养殖种群的贝体外形扁平。三亚野生种群的壳重指数（2530）大于印度养殖群体（1880）。通过成像色度检测分析系统分析，每个种群都有自己的颜色特征值——三刺激值和颜色参数；比较两个种群颜色参数Lab时表明，三亚野生种群贝壳珍珠质颜色的明度（L）大于印度养殖种群，色品比印度养殖种群更偏向绿色（-a）和黄色（b），印度养殖种群色品偏向蓝色和红色。两个种群间贝壳珍珠质的色差（ΔEab）为1069，属于大色差，感觉强烈。