摘要:

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摘要:DNA甲基化作为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下改变生物的遗传表现，对于理解基因调控机制和生物学过程具有重要作用。近年来，DNA甲基化的研究已成为热点并取得了长足进展，但其在鱼类生长发育及环境响应过程中的功能及调控机制尚不够清晰。本文对鱼类DNA甲基化的模式、生物学功能以及环境因子对DNA甲基化的影响等方面进行综述，并对未来的研究方向做出展望，以期为鱼类DNA甲基化的深入研究与应用提供参考。

摘要:鳀(Engraulis japonicus)是黄海最重要的小型中上层鱼类，其群体的有效补充与早期生长状态呈现高度的关联性。本研究基于2016—2018三年间采集的样品，通过耳石微结构分析追溯其孵化日期，并运用混合效应模型、梯度森林模型、广义加性模型和滑动窗口等统计方法，探究了内外因子对鳀早期生长的影响。结果表明，日龄和母系效应与鳀早期生长之间存在显著正相关性。海表温度、混合层深度、海表盐度是影响黄海鳀早期生长的关键环境因子。其中，海表温度对鳀早期生长的影响表现出时间滞后性，且该滞后效应随鳀日龄的增加而变化：对于小于15日龄的鳀，滞后效应为1 d；而对于15~40日龄的鳀，滞后效应为2 d。进一步的预测分析表明，鳀早期生长会随着海表温度的升高而增长。本研究揭示了内外因子对鳀早期生长的影响，对黄海鳀资源的可持续利用具有重要意义。

摘要:为深入探究浙江南部近海石首鱼类的生态位特征及其种间相互作用关系，本研究根据2020年5月—2021年1月该海域4个季度的渔业资源调查数据，运用生态位指标、聚类分析、卡方检验、种间联结性检验和冗余分析等方法，研究该海域石首鱼类的时空生态位特征及种间联结关系。结果显示，调查海域共有石首鱼类9种，时间生态位宽度范围为0.17~1.08，其中，小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)时间生态位宽度最大，大头银姑鱼(Pennahia macrocephalus)最小；空间生态位宽度范围为1.40~2.50，黑姑鱼(Atrobucca nibe)空间生态位宽度最大，棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)最小；时空生态位宽度范围为0.32~2.42，小黄鱼时空生态位宽度最大，大头银姑鱼最小。大头银姑鱼和黑姑鱼、银姑鱼(Pennahia argentata)和鳞鳍叫姑鱼(Johnius distinctus)的时间生态位重叠值最高，鮸(Miichthys miiuy)和黑姑鱼的空间生态位重叠值最高，各物种在时空维度生态位重叠值都处于较低水平，物种通过生态分化策略保证种间共存。总体联结性呈显著正关联，大多数种对间的联结性不显著，呈现相互独立分布的特征。冗余分析表明，表层水温和盐度是影响该海域石首鱼类分布的主要环境因子。研究表明，该海域石首鱼类整体联结性较强，具有一定的相互依存关系，但种对间的关联性在逐渐下降，趋向独立分布格局。

摘要:为了解海州湾贝类养殖海域浮游植物的粒径结构及影响因素，于2023年3、7、9、10和12月对海州湾的贝类养殖区(一区和二区)和非养殖区(航道区和空白区)浮游植物的叶绿素a (Chl-a)浓度、粒径结构及环境因子进行了调查研究。结果显示，3月和12月，调查海域各区域的Chl-a浓度无显著差异，其平均值分别为(1.98±0.61) µg/L和(3.69±1.55) µg/L；7月和10月，一区Chl-a浓度的平均值分别达到了(9.80±2.04) µg/L和(12.34±6.27) µg/L，显著高于其他区域(P<0.05)；9月，二区Chl-a浓度(1.47~1.94 µg/L)显著低于非养殖区(P<0.01)。从粒径结构来看，3月和7月，微型浮游植物和小型浮游植物占据主要优势地位；9月、10月和12月，调查海域以小型浮游植物为主，占比分别为58.43%、75.87%和89.01%。双因素方差分析表明，微微型浮游植物的贡献率受月份因素影响显著(P<0.001)，微型和小型浮游植物的贡献率受月份、月份和区域交互作用影响显著(P<0.05)。RDA排序结果显示，一区粒径结构受N/Si的影响显著，二区受总氮和N/P影响显著，航道区受铵盐的影响显著，空白区受溶解无机氮的影响显著(P<0.05)。总体来讲，调查海域浮游植物的Chl-a浓度主要受到陆源输入营养盐和温度的影响，其中二区浮游植物在9月受贝类滤食的影响较明显。4 个区域的浮游植物粒径结构的改变主要是由季节变化引起，这说明海州湾贝类养殖的密度适宜，未对浮游植物的Chl-a浓度和粒径结构产生很大的影响。

摘要:为明确胶州湾滩涂生计渔业渔获物“蚝艮”的种类及其分布信息，本研究利用形态学方法和DNA条形码技术对该物种开展了分类鉴定。在胶州湾北部滩涂生计渔业的传统作业区共采集“蚝艮”样品10尾。形态学研究选取了7个可数性状和8个可量性状对样品进行定量分析，并通过与历史文献记录比较，初步确定该物种为长体刺虾虎鱼[Acanthogobius elongatus (Fang, 1942)]。测序获取样品DNA条形码序列10条，在GenBank数据库中进行相似性比对，结合已报道的8种虾虎鱼类DNA条形码进行分析，构建系统进化关系，进一步确定样品的种类及分类地位。结果显示，“蚝艮”的DNA条形码与已报道的长体刺虾虎鱼序列具有高度的相似性，二者的遗传距离为种内差异水平；在系统发育树中，“蚝艮”与长体刺虾虎鱼聚为一支，支持将“蚝艮”鉴定为长体刺虾虎鱼。本研究首次对“蚝艮”实施了科学鉴定，并记录了其在胶州湾的分布，解决了该生计渔业渔获物长期以来种类不明的问题。研究结果将丰富胶州湾鱼类多样性认知，并为胶州湾渔业资源的养护和生计渔业管理措施的制定提供科学基础。

摘要:细纹狮子鱼(Liparis tanakae)是黄海生态系统的优势种，阐明其种群繁殖规律是揭示优势种维持机制的前提，也是深层次认知生态系统结构与功能的基础。本研究采用石蜡切片和HE染色法对其卵巢各发育阶段进行了组织学研究，详细描述了各时相卵母细胞的形态和卵径分布特征，并分析了细纹狮子鱼的产卵类型。结果显示，细纹狮子鱼卵母细胞发育可分为6个时相：第Ⅰ时相为刚从卵原细胞分化为卵母细胞时期，细胞体积小，细胞核占比较大；第Ⅱ时相，卵母细胞增大，细胞周围出现一层滤泡膜；第Ⅲ时相，细胞质中出现卵黄泡，卵黄开始积累，质膜与滤泡膜间出现放射带，滤泡膜变为2层；第Ⅳ时相，卵黄开始填充卵黄泡，并逐渐结成卵黄小板；第Ⅴ时相，卵黄融成单一大卵黄球，细胞核溶解；第Ⅵ时相卵母细胞退化，卵黄被逐渐吸收形成空腔，部分卵母细胞形态不规则。细纹狮子鱼卵巢发育分为6期，不同发育时期各时相卵母细胞的组成比例不同。其中，Ⅳ期卵巢内卵径呈单峰分布，优势粒径组为0.90~1.00 mm，主要由第Ⅲ、Ⅳ时相卵母细胞组成；Ⅴ期卵巢内卵径呈单峰分布，优势粒径组为1.70~1.80 mm，主要由第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ时相卵母细胞组成，第Ⅴ时相卵母细胞增多；Ⅵ期卵巢卵径呈双峰分布，优势粒径组主要集中于0.50~0.70 mm和1.10~1.20 mm，处于小生长期的卵母细胞和退化的卵母细胞比例较高。细纹狮子鱼卵巢发育模式为非同步型分批产卵类型。研究结果揭示了细纹狮子鱼卵巢发育规律及特点，为进一步丰富该鱼的繁殖生态学提供了理论参考。

摘要:养殖用塑料的长期使用不可避免地造成塑料添加剂溶出到水环境中。然而，这些塑料添加剂的溶出规律及对水生生物的暴露风险尚不清晰。本研究聚焦典型塑料添加剂有机磷酸酯(OPEs)，以在野外海水养殖塘中收集的塑料防渗膜为研究对象，分别进行室内模拟溶出实验和水生生物暴露实验。结果显示，在240 h的模拟溶出实验中，总OPEs的溶出量为12.24 ng/g。其中，含氯类OPEs的溶出率相对较高，磷酸三(2-氯乙基)酯(TCEP)溶出率达到了40.6%，含氯类OPEs、芳香类OPEs、烷烃类OPEs溶出率依次降低；塑料防渗膜在0~2 d的溶出实验过程中，OPEs的溶出速率最快，在第6天后，溶出速率开始达到平衡状态。水生生物暴露实验结果显示，48 h内防渗膜溶出的OPEs在卤虫(Artemia)体内检出5种，其中，磷酸三甲苯基酯(TCP)、磷酸三(1,3-二氯异丙基)酯(TDCPP)的log10BAF (生物富集因子)均大于3.7，具有生物富集效应；磷酸三正丁酯(TnBP)的log10BAF值介于3.3~3.7之间，具有潜在的生物富集效应。上述结果表明，海水养殖塘中的塑料防渗膜所释放的OPEs会对水生生物造成潜在的风险。

摘要:海产品在满足人类所需的重要蛋白质食物中发挥了重要作用，海产品在养殖过程中产生较大的碳排放，核算海产品养殖的碳足迹可以建立针对性的减排增汇措施，对实现“双碳战略”具有非常重要的意义。为了探究凡纳对虾(Penaeus vannamei)池塘养殖的碳足迹，本研究通过对山东滨州的养殖池塘进行现场监测、走访养殖企业进行实地调研以及查阅相关文献获得相关基础数据。采用从“大门到大门”的生命周期评价法，核算了山东滨州凡纳对虾养殖系统从池塘建造、养殖阶段及池塘拆除阶段的碳足迹。研究发现，生产1 kg凡纳对虾的碳足迹为5.60 kgCO2e，其中，碳的排放总量为7.69 kgCO2e，来自水体生态系统的碳吸收量为2.09 kgCO2e。主要碳源包括养殖期间肥水所用的鸡粪、配合饲料和生石灰，分别占碳排放总量的73.0%、11.3%和10.7%。建议采用控制鸡粪的使用量、精准投喂和综合养殖(如添加滤食性贝类)的方式以减排增汇、降低碳足迹。

摘要:海水养殖滤食性贝类的贝壳碳含量占其总生物质碳的63.44%~92.64%，其在固碳和碳封存中的潜力成为研究热点，然而，关于贝壳不同部位的碳含量及贝壳的碳封存效率尚不清晰。本研究于2022年9月在桑沟湾采集紫贻贝(Mytilus edulis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)、虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、长牡蛎(Crassostrea gigas)、菲律宾蛤仔(Ruditapes phlippinarum)和毛蚶(Soapharca suberenata) 6种滤食性贝类，利用元素分析仪测定了贝壳不同部位(边缘、壳顶和整个贝壳)的总碳和有机碳含量，通过室内自然降解法测定了贝壳总碳和有机碳降解速率。研究结果显示，不同种类贝壳中总碳和有机碳的含量不同，6种贝壳的总碳和有机碳含量范围分别为11.31%~ 13.37%和0.53%~2.17%，其中，紫贻贝总碳与有机碳含量均显著高于其他5种贝类，而这5种贝壳的总碳含量无显著性差异(P>0.05)，毛蚶有机碳含量显著高于其他4种贝类贝壳(P<0.05)。紫贻贝壳顶部的总碳与有机碳含量均显著低于壳边缘部分(P<0.05)；毛蚶壳顶部的有机碳含量显著低于壳边缘部分(P<0.05)，其他4种贝壳各部位间的总碳、有机碳含量差异不显著(P>0.05)。贝壳总碳和有机碳的降解速率因种类而不同，有机碳含量越高，总碳的降解速率越大。6种贝壳总碳降解速率常数(k445)在0.021 9~0.080 3 a–1之间，平均值为(0.051 10.022 1) a–1。其中，毛蚶的总碳降解速率最大，菲律宾蛤仔的降解速率最小。贝壳有机碳k445在0.032 9~0.609 6 a–1之间。毛蚶的有机碳降解速率最大，牡蛎的降解速率最小。研究结果为评估我国海水养殖滤食性贝类的碳封存效应提供了数据支撑。

摘要:本研究通过破坏视觉器官、破坏侧线器官及二者结合等处理手段，对比分析视觉、侧线对许氏平鲉(Sebastes schlegelii)趋礁行为的作用。研究设置1个对照组和5个处理组，共6个实验组，将实验鱼投放在人工鱼礁的固定距离处，统计分析在12 h内鱼礁周围实验鱼的瞬时聚集率与数量稳定后的瞬时聚集率均值，并进行多因素方差分析。结果显示，视觉器官与侧线器官均为主要影响因素，在实验鱼的可视范围内，视觉系统在许氏平鲉趋礁行为中产生极显著的影响(P<0.01)，视觉被破坏降低了实验鱼的瞬时聚集率和变化趋势。侧线器官被破坏也对其趋礁行为产生极显著的影响(P<0.01)，在视觉系统被破坏的情况下，侧线系统的作用变得尤为重要。处理侧线的硫酸庆大霉素浓度越高，实验鱼的瞬时聚集率和变化趋势越低，表明硫酸庆大霉素处理浓度与侧线被破坏程度呈正相关。当视觉系统与侧线系统二者均被破坏时，许氏平鲉的趋礁效率会显著降低，二者交互效应不显著(P>0.05)。本研究为岩礁鱼类的保护和增殖及海洋栖息地的修复和营造提供了重要参考。

摘要:花鲈(Lateolabrax maculatus)作为我国重要的海产经济鱼类，在养殖过程中经常受到高温胁迫的影响，严重制约花鲈养殖产业的发展。已有研究表明，热休克蛋白5 (HSPA5)作为关键的应激反应蛋白，在细胞热响应过程中发挥重要功能。为深入研究花鲈HSPA5在高温胁迫下的分子响应机制，本研究首先克隆了花鲈hspa5基因，并采用实时荧光定量PCR (qPCR)技术，分析了在30 ℃高温条件下不同处理时间对花鲈肝脏中hspa5基因表达的影响。结果显示，随着处理时间的延长，hspa5基因的表达量逐渐上升，并在处理12 h时达到最高水平，随后呈下降趋势，表明hspa5在花鲈肝脏组织应对高温胁迫时具有显著的响应。对正常条件下的花鲈肝脏组织HE染色，初步观察了组织特征和细胞状态。原位杂交结果显示，hspa5 mRNA主要定位于肝细胞胞质中。综上所述，本研究通过qPCR、HE染色和原位杂交技术，揭示了hspa5基因在花鲈肝脏组织响应高温胁迫的表达模式。研究结果不仅有助于深入理解hspa5在花鲈响应高温胁迫时的功能机制，还为花鲈的养殖管理和耐高温性状选育提供了一定的理论依据。

摘要:光照是影响鱼类生长发育的关键环境因子之一。本研究设置了蓝、绿、黄、自然光4种光色组，在相同光强和光周期条件下养殖花鲈(Lateolabrax maculatus) 45 d，探究不同光色对花鲈生长、摄食、分布及生理代谢的影响。结果显示，蓝光组花鲈幼鱼的体质量增长率(WGR)和特定生长率(SGR) [(45.70±2.20)%、(0.90±0.08) (%/d)]显著高于黄光组和对照组(P<0.05)，其肝脏胰岛素生长因子(igf-1和igf-2)和生长激素受体1 (ghr-1)基因相对表达水平与自然光组相比有所升高。花鲈幼鱼对不同光色的趋光性分布不同，对蓝光表现出正趋光性，而对黄光表现出负趋光性。代谢组学分析表明，蓝光组花鲈主要通过L-异亮氨酸和溶血磷脂酰乙醇胺(LPE，18:2/0:0)等代谢物显著上调影响氨基酸代谢和甘油磷脂代谢等9条通路(P<0.05)，进而影响氨基酸和磷脂类物质的合成；绿光组主要通过富马酸、L-酪氨酸等代谢物显著下调影响花鲈苯丙氨酸代谢和氧化磷酸化等5条通路(P<0.05)，进而影响鱼体蛋白质合成和激素分泌。本研究表明，蓝光条件可以有效促进花鲈幼鱼的生长，降低饲料系数，加快氨基酸和磷脂类合成进程，研究结果为花鲈养殖过程光色选择及养殖策略的制定提供了理论依据。

摘要:为了探究养殖模式对大黄鱼(Larimichthys crocea)品质的影响，对通框网箱、深水网箱和工船养殖的大规格(500~550 g)和小规格(250~330 g)大黄鱼形体、质构、基本营养成分、氨基酸、脂肪酸、滋味轮廓和挥发性气味进行测定，通过正交偏最小二乘法判别分析综合评价了上述指标的差异。结果显示，工船养殖大黄鱼的体形优于深水和通框网箱养殖大黄鱼；相同规格工船和深水网箱大黄鱼的硬度、粘附性和胶粘性高于通框网箱；不同养殖模式下大规格大黄鱼粗脂肪含量低于小规格；工船养殖和深水网箱大黄鱼单不饱和脂肪酸含量显著高于通框网箱；工船养殖大黄鱼具有较高的鲜味和甜味，深水网箱养殖大黄鱼丰富度较高；小规格大黄鱼异戊醛、2-蒎烯、丙烯酸乙酯、2-丁酮和丁醛-D等含量高于大规格大黄鱼；正交偏最小二乘判别分析筛选出反油酸、2-丁醇-M、丁醛-M、鲜味、涩味回味、丰富度、蛋氨酸和半胱氨酸是区分不同养殖模式大黄鱼的重要指标。综上所述，工船养殖和深水网箱等新兴养殖能提高大黄鱼体形、质构和滋味，反油酸、2-丁醇-M、丁醛-M、鲜味、涩味回味、丰富度、蛋氨酸和半胱氨酸可用于不同养殖模式大黄鱼的区分。

摘要:生物钟是生物体适应地球周期性昼夜变化而演化出体内自持的计时机制，Cryptochrome和Period是生物钟的2个核心基因，其通过形成PER/CRY异二聚体调控生物体节律。本研究应用分子生物学和生物信息学技术对番红砗磲(Tridacna crocea)生物钟基因Cryptochrome和Period的编码区进行了克隆和特征分析，继而开展了其组织特异性和不同光照周期下的表达节律性研究。结果显示，Cryptochrome编码区碱基序列长1 641 bp，编码546个氨基酸，理论等电点为6.08，分子量为62.98 kDa；Period编码区碱基序列长4 386 bp，编码1 461个氨基酸，理论等电点为6.14，分子量为164.99 kDa；Hdock互作模式研究结果显示，2个蛋白可形成异二聚体，结合能为–279.88 kcal/mol。组织表达分析显示，Cryptochrome和Period在7个组织中均有表达，其中，外外套膜、内外套膜、鳃和闭壳肌相对表达量较高(Cryptochrome在心脏中亦有较高表达量)。Cryptochrome和Period基因在外外套膜、内外套膜、鳃和闭壳肌中均昼夜变化，并呈现振荡表达的规律。在内、外外套膜中，Cryptochrome和Period基因分别在光照后1 h和光照前2 h表达量达到最高，且均随光照周期的推移(光照时间07:00~19:00推迟至09:00~21:00)而推移；在鳃组织中，正常光周期处理的Cryptochrome和Period基因均在光照前1 h表达量达到最高，当光照延迟2 h后，2个基因的最高表达时间推至光照后1 h；与之相反，闭壳肌中Cryptochrome和Period基因在08:00左右表达量最高，且未随光照延迟而发生变化。综上，本研究首次克隆获得番红砗磲2个关键生物钟基因Cryptochrome和Period，初步验证了这2个基因在主要组织表达的昼夜节律性，结果对揭示番红砗磲行为、生理节律和光照适应机制具有重要意义。

摘要:Hox基因家族是一类与真核生物形态发育密切相关的重要基因。为解析克氏原螯虾(Procambarus clarkii) Hox基因的表达模式以及参与形态发育调控的功能和机制，本研究基于克氏原螯虾基因组和转录组数据，结合生物信息学的方法对Hox基因家族进行鉴定，并对其序列结构、蛋白理化性质、亚细胞定位预测、物种间共线性情况、系统发育、选择压力、早期发育表达模式和组织分布特征进行了初步分析。结果显示，在克氏原螯虾中鉴定出同一染色体上成簇排列的8个Hox基因(lab、pb、Dfd、Scr、Antp、Ubx、abd-A和Abd-B)，除Abd-B基因外，其他基因编码的Hox蛋白均具有一个含YPWM的motif和一个高度保守的Homeodomain结构域；克氏原螯虾Hox蛋白均为亲水性蛋白和不稳定蛋白；亚细胞定位预测显示，克氏原螯虾Hox蛋白主要定位于细胞核；Hox基因家族的不同成员在虾蟹类物种中具有不同的系统发育历史；克氏原螯虾Hox基因主要经历了纯化选择，且不同的Hox基因在甲壳类物种间存在不同的进化速率；Hox基因家族不同成员在克氏原螯虾早期发育不同时期和成虾不同组织的相对表达量有所差异，且在不同组织的相对表达量雌虾普遍高于雄虾。研究结果丰富了甲壳类动物Hox基因的研究，为克氏原螯虾形态发育和进化研究提供了基础资料。

摘要:近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)是我国南北沿海河口区的重要贝类，具有重要的经济价值和生态服务功能。河口区盐度变化较大且频繁，近江牡蛎对盐度具有较强的适应能力，但其机体响应方面的研究相对匮乏。本研究设置不同盐度梯度对近江牡蛎进行处理，检测并分析处理后耗氧率、排氨率、氧氮比、摄食率和滤水率的变化，以及对热休克蛋白70 (Hsp70)、缺氧上调因子1 (Hyou1)和DNAJ热休克蛋白家族成员C2 (DNAJC2)的影响。结果显示，在盐度5~45内，近江牡蛎耗氧率和排氨率先升高后下降，盐度35时达到峰值；盐度5~25时，摄食率逐渐上升，盐度25~45时下降，盐度25时达到峰值，盐度45时降到最低；滤水率在盐度5~45内呈先升高后降低的趋势，盐度15时达到最高，盐度45时最低。荧光实时定量PCR结果显示，3个基因在近江牡蛎鳃、外套膜、闭壳肌和唇瓣中均有表达，且在闭壳肌中表达量显著高于其他组织。盐度变化显著影响近江牡蛎CarHsp70、CarHyou1和CarDANJC2基因在鳃组织中的表达。盐度增加10，CarHsp70、CarHyou1和CarDANJC2表达量分别上调至对照组的4.36倍、3.58倍和2.08倍；盐度降低10，则分别上调至3.62倍、2.97倍和2.05倍。盐度增加20，3个基因表达量分别是对照组的7.13倍、4.68 倍和2.72倍；盐度降低20，则分别是对照组的5.92倍、6.04倍和2.54倍。本研究揭示了近江牡蛎在不同盐度条件下的生理和分子响应，包括耗氧率、排氨率、摄食率、滤水率及Hsp家族基因在应对盐度胁迫中的表达变化，为进一步了解牡蛎适应盐度环境变化的研究提供了参考资料。

摘要:本研究以菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)的D形幼虫和壳顶幼虫为研究对象，建立快速、高效的单个幼虫基因组DNA提取方法，并成功应用于菲律宾蛤仔的遗传学鉴定和单倍型分析。此方法的原理在于通过物理和化学手段破坏细胞结构，释放DNA，并通过热变性和快速冷却步骤实现DNA的收集。进行实验时，先将分离的单个幼虫转移到PCR管中，加入10 μL PCR缓冲液，100 ℃加热5 min，迅速转移到冰盒中，并加入0.5 μL蛋白酶K，并振荡混匀，在PCR仪55 ℃条件消化60 min，100 ℃加热10 min后，4 ℃离心并保存DNA。经超微量紫外可见光分光光度仪检测、琼脂糖凝胶电泳分离和DNA序列比对，评价幼虫DNA的质量。结果显示，以幼虫DNA为模板，设计用于扩增16SrRNA和COX1基因的引物，扩增获得PCR产物的电泳条带清晰，测序验证准确，表明16SrRNA和COX1均能对菲律宾蛤仔幼虫进行遗传鉴定和单倍型分析，COX1共获得单倍型14 个，单倍型多样性为0.937；16SrRNA共得到单倍型13个，单倍型多样性为0.705。研究结果证实，该方法可从几百微米大小的贝类幼虫中提取高质量的基因组DNA，为贝类幼虫的物种鉴定和遗传学分析提供了一种准确、高效和可靠的方法，在贝类幼虫生态学和遗传育种领域具有广阔的应用前景。

摘要:本研究以福建东吾洋海域吊笼养殖区暴发肠炎病的刺参(Apostichopus japonicus)为研究对象，对其发病特征、病原病理以及刺参肠道菌群结构进行解析，以期掌握该养殖模式下相关疾病的发病原因，为该区域刺参病害防控提供科学依据。流行病学调查发现，患病刺参肠道变细且肠道内含有大量积水；组织病理学结果显示，病变肠道结缔组织细胞肿大且部分崩解，排布较为松散，结缔组织与肌肉层出现分离现象。采用涂布培养法对刺参肠道及环境样品进行可培养细菌培养和占比分析，结果显示，患病刺参肠道总菌数和弧菌数均显著高于健康刺参。通过对16S rDNA可变区V3~V4区域进行高通量测序，菌群结构分析结果显示，检测到的细菌归属于25门、311科，健康组肠道排名前三的优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、杆菌科(Bacillaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)，相对丰度分别为8.69%、5.53%和5.12%；而患病组肠道排名前三的优势菌科依次为立克次体科(Rickettsiaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)和肠杆菌科，相对丰度分别为12.66%、8.22%和5.71%，患病组的弧菌科丰度显著高于健康组，环境样品中混合饲料的弧菌科相对丰度最高，达到34.99%。PCoA分析及UPGMA聚类分析显示，各组样品聚类良好，且混合饲料菌群类别与肠道菌群较为接近。在差异菌群的高丰度操作分类单元(OTU)定位分析中，相对丰度高于0.5%的OTU主要定位到泥单胞菌属(Lutimonas)、另类弧菌属(Aliivibrio)和华美菌属(Formosa)，且弧菌属(Vibrio)多为致病菌，华美菌属多为益生菌，高丰度OTU在健康组和患病组的肠道中差异显著。上述结果表明，患病刺参肠道组织结构发生改变，且肠道中的大量弧菌主要来源于混合饲料，刺参饵料中的大量菌群对其健康具有一定的威胁性，益生菌在健康刺参肠道中的含量高于患病刺参，致病菌在患病刺参中的含量高于健康刺参。相关研究结果将有助于为潜在益生菌的开发利用和潜在病原菌的筛查提供科学依据，并进一步推动刺参饵料的优化，为科学养殖及病害防控提供理论依据。

摘要:行动障碍野田村病毒(movement disorder nodavirus, MDNV)是α野田村病毒属的一类新型野田村病毒。为了解MDNV在贝类中的自然感染情况，本研究综合运用TaqMan实时荧光定量PCR (TaqMan RT-qPCR)、组织病理和组织原位杂交等检测手段，对黄海海区野生贝类样品携带和感染MDNV的情况进行了系统分析。TaqMan RT-qPCR检测结果显示，所采集的太平洋牡蛎(Crossostrea gigas)和栉孔扇贝(Azumapecten farreri)中均有MDNV阳性检出，前者的阳性检出率为16.67% (1/6)，后者的阳性检出率为33.3% (2/6)；在魁蚶(Scapharca broughtonii)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)中均未检测到MDNV。组织病理分析显示，太平洋牡蛎外套膜组织中存在大量的嗜酸性包涵体，细胞核发生固缩；鳃组织上皮细胞受损，胞质内出现空泡化，部分细胞核固缩，鳃丝内充斥着大量的嗜酸性包涵体。栉孔扇贝消化腺上皮细胞的细胞核内可见异常嗜酸性包涵体，鳃组织中部分上皮细胞的细胞核发生核固缩。原位杂交结果显示，太平洋牡蛎和栉孔扇贝的病变部位均可见深紫色或淡紫色的MDNV探针杂交信号。来源于贝类的MDNV、虾类的MDNV和偷死野田村病毒(CMNV)的RNA聚合酶(RdRp)序列比对分析显示，太平洋牡蛎与栉孔扇贝的MDNV序列相似度为99.3%，而这二者与CMNV原始分离株序列片段的相似度为83.3%。本研究首次证实，MDNV在自然条件下能够感染近海区域的野生贝类，并导致靶组织发生明显的病理损伤，同时也表明，需密切关注患病贝类作为传染源或宿主导致MDNV在水产养殖动物中大规模传播和流行的风险。

摘要:拟穴青蟹(Scylla paramamosain)苗种携带青蟹呼肠孤病毒(mud crab reovirus, MCRV)对后期养殖具有极大的风险。培育无MCRV苗种，从源头切断该病毒传播，已成为当前青蟹养殖中亟待解决的关键问题。为提高青蟹苗种MCRV检测的灵敏度，本研究选择MCRV的高表达基因VP11作为靶标，设计特异性引物和TaqMan-MGB探针，以标准品质粒和RNA为模板，通过优化反应体系和反应程序，建立了一种适用于青蟹苗种MCRV检测的TaqMan-MGB实时荧光定量PCR (qRT-PCR)方法，能够实现对MCRV的精准检测。在1×108 ~ 1×101 copies/µL标准品质粒(或dsRNA)的范围内，起始模板浓度对数值与反应循环数间呈良好的线性关系，最低可精确定量10 copies标准品质粒或dsRNA/反应的样品，该方法最低理论检测极限为2.5 copies标准品质粒/反应。以青蟹双顺反子病毒(MCDV)、对虾白斑综合症病毒(WSSV)、十足目虹彩病毒(DIV1)、虾肝肠胞虫(EHP)及副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)核酸样品作为模板进行检测，均未产生特异性扩增。该检测方法对质粒和dsRNA样品的变异系数分别为1.40%和0.98%，具有良好的重复性和稳定性。使用该方法和SYBR Green qRT-PCR方法同时对14份不同发育阶段蚤状幼体进行检测，MCRV检出率分别为78.57%和57.14%。上述研究结果表明，该检测方法稳定性好、特异性强、灵敏性更高，适用于不同发育阶段青蟹幼体的MCRV检测，可为无MCRV青蟹苗种的生产提供关键技术支撑。