利用多态性好的20对微卫星引物，对中国日照、黄岛、蓬莱和韩国的4个魁蚶地理群体进行了遗传多样性分析。结果显示，20个位点在4个群体中的等位基因数为3～17，平均等位基因数为8.35，平均有效等位基因数为6.230 6；观测杂合度(Ho)为0.466 7~0.966 7；期望杂合度(He)为0.619 8~0.931 8；多态信息含量(PIC)为0.530 1~0.909 3，表现出高的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化指数(Fst)在0.013 2~0.031 4之间，呈现出较低的遗传分化。群体间的遗传距离在0.125 5~0.245 8之间；通过构建UPGMA聚类树，显示日照群体和黄岛群体最先聚类，再与蓬莱群体聚类，最后与韩国群体聚类，说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。本研究所得数据对开展魁蚶遗传育种和种质资源保护具有一定指导意义。