文章摘要
中国对虾NAGase基因SNP标记的筛选及与耐高pH性状的关联分析
Analysis of Correlation between SNP of NAGase Gene and Susceptibility to under high pH stress in Fenneropenaeus chinensis
投稿时间:2019-12-05  修订日期:2019-12-29
DOI:
中文关键词: 中国对虾  NAGase基因  耐高pH性状  SNP位点
英文关键词: Fenneropenaeus chinensis  NAGase gene  High pH resistance  SNP site
基金项目:国家虾蟹产业技术体系(CARS-48)、山东省泰山产业领军人才工程项目(LNJY2015002)和国家自然科学基金(31772842)共同资助
作者单位E-mail
韩旭 水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学 上海 137363489@qq.com 
何玉英 青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 山东 青岛 heyy@ysfri.ac.cn 
李健 青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 山东 青岛  
张海恩 水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学 上海  
周雨欣 水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学 上海  
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中文摘要:
      为探究N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶基因(beta-N-acetylglucosaminidase,NAGase)对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)耐高pH性状的影响,本试验采用直接测序法及实时荧光定量PCR法检测FcNAGase的多态性,并分析其与中国对虾耐高pH性状的相关性。结果表明,通过直接测序的方法在FcNAGase上共检测到29个潜在的SNP位点,分布频率为1.26/100bp,其中内含子的突变频率为0.39/100bp,外显子的突变发生频率为0.87/100bp。通过荧光定量PCR的方法在中国对虾耐高pH性状分离群体中共检测到14个具有多态性的SNP位点,其中观测杂合度(Ho)的范围从0.2581到0.9390,期望杂合度(He)的范围从0.0595到0.4490,多态信息含量(PIC)的范围从0.0574到0.3731;利用卡方检验的方法进行关联性分析,发现2个与中国对虾耐高pH性状显著相关的位点(P<0.05),分别是P12(P=0.036)、P27(P=0.018),本实验研究结果可为中国对虾分子标记辅助育种研究提供一定基础数据和方法。
英文摘要:
      In order to explore the effect of beta-N-acetylglucosaminidase (NAGase) gene on the high pH tolerance of Fenneropenaeus chinensis, the Single Nucleotide Polymorphism of FcNAGase and its correlation with the high pH tolerance of Fenneropenaeus chinensis were detected by direct sequencing and real-time fluorescent quantitative PCR. The results showed that 29 potential SNP loci were detected on FcNAGase gene by direct sequencing, the distribution frequency was 1.26/100bp, in which the mutation frequency of intron was 0.39/100bp, and that of exon was 0.87/100bp. Fourteen SNP loci were detected in the high pH tolerance population of Fenneropenaeus chinensis by fluorescence quantitative PCR. The observed heterozygosity (Ho) ranged from 0.2581 to 0.9390, the expected heterozygosity (He) ranged from 0.0595 to 0.4490, and the polymorphism information content (PIC) ranged from 0.0574 to 0.3731. The chi-square test result revealed that 2 SNP loci was related to high pH tolerance traits(P<0.05), namely P12 (P=0.036), P27 (P=0.018). The results of this experiment can provide some basic data and methods for molecular marker assisted breeding of Fenneropenaeus chinensis.
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